当行政公益诉讼出现“诉讼请求全部实现”情形时，根据《检察公益诉讼解释》第24条和《公益诉讼办案规则》第84条，检察机关拥有撤回起诉或变更履行法定职责诉讼请求为确认违法诉讼请求的选择权，尽管这种选择权有待法院的确认，但其对结案方式的确定具有实然层面的决定作用。作为检察建议的制发对象和行政公益诉讼的被告，行政机关难以接受依然能够表明其败诉的确认违法判决。检察公益诉讼与纪检监察机关履职合作机制的探索，旨在实现“共享线索，共享证据，共同问责”。与行政公益诉讼检察建议书、起诉书相比，法院作出的裁判文书有助于纪检监察机关更为全面准确地发现职务违法犯罪线索。确认违法判决对行政机关不履行或不完全履行职责的认定，会成为党组织依照《中国共产党纪律处分条例》第126、130、132条对直接责任者和领导责任者进行纪律处分的根据，还会成为监察机关依照《中华人民共和国公职人员政务处分法》第39条对行为人进行政务处分的根据。败诉行政案件数长期在依法行政考核体系中占据重要位置，设定上限的“败诉案件数扣分制”比“败诉率扣分制”更为公平。社会影响更大、更易引发网络舆情的行政公益诉讼倘若败诉，对依法行政考核会产生很大的消极影响。1990年至今的行政诉讼实践显示，相当数量案件的起诉主体之所以选择撤回起诉，是因为行政机关已经直接或间接地承认被诉行政行为违法并已经纠错，很多准许撤诉的裁定实际上成为了败诉判决的挡箭牌。在问责常态化和依法行政考核严格化的压力下，想方设法地动用各种资源向法院、检察机关说情或施压，就会成为行政机关避免收到败诉判决和准许撤诉裁定的行动策略。行政机关对确认违法判决、准许撤诉裁定和终结诉讼裁定的接受度依次增加。

检察机关可否单独提出确认违法诉讼请求，至今尚未形成共识。持反对立场者认为，即便法院支持检察机关单独提出的确认违法诉讼请求，因判项没有可以实现的内容，对救济受损的公共利益没有作用，行政公益诉讼的启动因此欠缺必要性。如此立场只是就案论案，不利于行政机关以后有意识地减少类似违法行政行为，忽视了确认违法诉讼请求的独立价值。当数个行政机关不依法履职同时或先后导致发生同一公益受损结果且存在职权变更情形时，若检察机关不能对原监管主体单独提出确认违法诉讼请求，则构成对原监管主体拖延或拒绝履职的放纵，会致使受损的公共利益无法得到尽早的救济。检察机关为避免在单独提出的履行法定职责诉讼请求于诉讼中全部实现时不得不撤回起诉的尴尬，会有备无患地在起诉书中把确认违法诉讼请求和履行法定职责诉讼请求先后列明，以便为将来变更诉讼请求预留空间。由于行政公益诉讼法院裁判支持率持续处于高位，行政机关难以获取检察机关诉讼请求被驳回的判决，故其可以求次而安地接受对其消极影响最小的终结诉讼裁定。

为抑制办案的随意性和可能的权力寻租，基于检察一体化原则对行政公益诉讼起诉和撤回起诉统一实行事前审批制正当且必要。撤回起诉建议权和终结诉讼建议权同属检察机关的程序终结建议权。对公权力主体而言，法无授权即禁止。正是由于检察机关在既有规则体系内无法为建议终结诉讼找到明确依据，才会瞄向规定制度目的的《检察公益诉讼解释》第2条。该条效仿《民事诉讼法》第2条，使用严肃性更为明显的“任务”一词，但在内容上则采取了从抽象到具体、从宏观到微观的逆向表达方式，检察公益诉讼的制度目的因而呈现出三阶层特征，“督促适格主体依法行使公益诉权，促进依法行政、严格执法”成为微观目的，“维护公共利益”成为中观目的，“维护宪法法律权威和社会公平正义”成为宏观目的。终结诉讼的结案方式很难有效地保证检察公益诉讼的三阶层目的得到实现。

办案风险的大小与办案依据的明确度反向相关。办案依据越明确，办案风险就越小。办案依据趋于模糊，办案风险即会骤增。依规则办案，普遍常见；依原则办案，偶尔可见；依目的办案，极为罕见。办案依据由规则、原则滑向目的，办案结果的可预期性和办案过程的规范性将被不断削弱，办案风险将持续增加。依《检察公益诉讼解释》第2条裁定终结诉讼，使得检察机关和法院借助公益诉讼实现共同监督行政机关的制度预期落空，进而使得行政机关不依法履行职责的行为得到纵容，三方“共赢”的局面实则背离了检察公益诉讼的制度预期。在行政公益诉讼中出现“诉讼请求全部实现”情形，检察机关既不撤回起诉，又不建议终结诉讼时，依诉的利益之基本法理，法院无权判决驳回诉讼请求，因为此时被诉行政行为在证据、法律适用、程序、职权行使、实体处理上并非完美无瑕或检察机关诉请行政机关履行法定职责理由不成立。此时倘若允许法院判驳，则诉的利益之判断基准就会被后移至一审裁判作出前或二审裁判作出前，而非共识所主张的一审法庭辩论终结前，诉的利益“先有后无”现象也将无法得到合理解释。综上可知，叫停终结诉讼作为行政公益诉讼的结案方式，已刻不容缓。如果检察公益诉讼法规定诉讼请求全部实现时检察机关可以建议终结诉讼，则应附加“行政机关在起诉前逾期不回复检察建议也不进行有效整改”和“行政机关在诉前整改期内制定的整改措施严重违法”作为除外情形。

对未生效公益诉讼一审裁判，检察机关如何启动二审程序，一直存在“上诉说”和“抗诉说”之争。《检察公益诉讼解释》第10条采“上诉说”且把启动条件设定为门槛很低的“不服一审判决、裁定”而非“一审判决、裁定确有错误”，与刑事公诉案件的抗诉结构明显疏离，未能在二审程序中继续将检察机关的诉讼地位与普通原告加以区分，不利于检察机关以诉的方式规范严肃地履行法律监督职能。“抗诉说”有“同级抗诉说”和“提级抗诉说”之分。前者主张“谁起诉谁抗诉”，后者主张提起公益诉讼的检察机关应当提请上一级检察机关向二审法院启动二审程序。“提级抗诉说”没有注意到二审抗诉和再审抗诉的界限，会使提起诉讼的检察机关无权派员参加第二审法庭，其办案积极性将受到很大挫伤。“在检察公益诉讼的二审抗诉程序中，既要发挥提起公益诉讼的人民检察院的抗诉积极性，体现出同级监督的诉讼理念，又要发挥上一级检察机关对二审抗诉的领导作用，体现检察一体化的体制优势。”故赋权提起诉讼的检察机关对未生效公益诉讼一审裁判提出抗诉，并要求上一级检察机关应当派员共同出庭，方符合检察一体化的基本要求，进而可使公益诉讼抗诉权同时覆盖到未生效裁判和已生效裁判。

根据《民事诉讼法》第219条第1、2款和《行政诉讼法》第93条第1、2款，针对民事、行政生效裁判，最高人民检察院和上级检察院有权提出抗诉，与生效裁判作出法院同级的地方各级检察院有权提出再审检察建议或提请上级检察院提出抗诉，提出抗诉的事由与提出再审检察建议的事由具有一致性。提出抗诉或再审检察建议的方式具有二元性，依申请被动监督是原则，依职权主动监督是补充。检察院对生效裁判依职权监督，不受当事人是否申请再审的限制。只要生效裁判不是由最高人民法院作出，依申请提出抗诉均须经过“同级受理，两级审查，提级抗诉”的法定流程。相较于依申请提出再审检察建议，依申请提出抗诉的周期更长、难度更大，但严肃性和效果往往更好；具有重大瑕疵的生效裁判更多地经由申请抗诉启动再审程序才得以纠正，法院对抗诉书更难适应。

自2021年8月1日起施行的《人民检察院民事诉讼监督规则》（以下简称《民事诉讼监督规则》）就地方各级检察院一般应当提请上一级检察院抗诉的情形作出规定，其第83条对“原判决、裁定适用法律确有错误的”和“审判人员在审理该案件时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的”两项再审事由没有附加条件，而其第82条则为《民事诉讼法》第211条规定的其余十一项再审事由穷尽列举地附加了“判决、裁定是经同级人民法院再审后作出”或“判决、裁定是经同级法院审判委员会讨论作出”的条件。自2021年9月1日起施行的《人民检察院行政诉讼监督规则》（以下简称《行政诉讼监督规则》）就地方各级检察院应当提请上一级检察院抗诉的情形作出规定，其第90条对“原判决、裁定适用法律、法规确有错误的”和“审判人员在审理该案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为的”两项再审事由没有附加条件，而其第89条则为《行政诉讼法》第91条规定的其余六项事由列举加兜底地附加了择一具备即可的条件。法律适用确有错误和审判人员存在严重职务违法犯罪行为，对法律权威和司法公信力的负面影响最大，是最不被容忍的裁判瑕疵。不适宜由同级法院再审纠正的案件若继续交由同级法院审理，则可能出现将错就错或错上加错的现象，会严重削减当事人、社会公众对再审程序之纠错功能的信任与期待。故《民事诉讼监督规则》和《行政诉讼监督规则》限缩地方各级检察院提出再审检察建议的情形、明确应当提请抗诉的法定情形，有助于获得更好的办案效果，更符合检察监督的制度预期，属于对《民事诉讼法》和《行政诉讼法》的正当解释。根据《民事诉讼监督规则》第37条第1款，对生效民事公益诉讼裁判确有错误的案件，检察院应当依职权监督。《行政诉讼监督规则》第36条第1款虽然没有作出同样具体的设计，但规定对损害国家利益或社会公共利益的案件，检察院应当依职权监督。