行政机关拒绝自动实现履行判决时，其行为具有当然违法性，但检察机关不能再向其制发行政公益诉讼检察建议，而应当借助法院执行权的力量来实现履行判决的内容。若执行法院未依法采取措施，检察机关有权提出纠正执行活动违法检察建议。由于履行判决执行案件的标的是行为而非财物，故控制性执行措施和处分性执行措施难以奏效。根据《行政诉讼法》第96条，行政机关拒绝自动实现履行判决的，一审法院有权对该行政机关负责人按日罚款、公告行政机关拒绝履行的情况、向监察机关或上一级行政机关提出司法建议、对该行政机关直接责任人员予以拘留或追究刑事责任。当执行法院和行政机关同在一地时，执行法院倘若采取这些保障性执行措施中的一种或数种，料必给该行政机关带来巨大压力。法院“以强制力建立权威，更以公信力巩固权威”。法院在执行程序中建立和巩固权威，以把法定措施规范地用足用尽为必要条件。可以说，行政公益诉讼履行判决执行难，与执行法院建立和巩固权威的意识欠缺密切关联，不问原则、只顾得失、缺乏担当的“老好人主义”现象在行政公益诉讼履行判决执行中亟待消除。

为切实破解履行判决执行难问题，法院对行政公益诉讼案件可以扩大适用集中管辖和交叉执行。集中管辖是把原本实行属地管辖的特定类型案件指定归属特定法院管辖，知识产权案件和环境资源案件实行集中管辖最为常见。统一裁判标准、提升审判能力、排除地方干扰是集中管辖的主要优势。然而，很多拥有集中管辖权的法院并未如铁路运输法院般跨行政区划，实行集中管辖的案件类型无法覆盖行政公益诉讼的既有十二个法定领域。始自2015年的司法体制改革坚持“司法权是中央事权”，推进“省以下地方法院、检察院人财物统一管理”，希冀司法机关在人财物层面不再被地方掣肘，但受制于诸多主客观因素，“司法财物统管改革成效的区域性、多元性和多样性特性突出”，司法体制省级统管至今在全国尚未彻底完成，滋生司法地方化的土壤依然存在。故将所有行政公益诉讼案件由跨行政区划法院集中管辖，才能变本地审理为异地审理、变本地执行为异地执行，才能让执行法院在行政机关拒绝自动实现履行判决时没有顾虑且全力以赴地采取保障性执行措施。

2023年9月至今最高人民法院着力推进交叉执行，旨在激活长期沉睡的《民事诉讼法》第237条，2024年6月发布《最高人民法院关于交叉执行工作的指导意见》（以下简称《交叉执行意见》），2025年4月发布首批执行实施专题指导性案例（251号至253号涉及交叉执行）。交叉执行的适用范围已从超过六个月未执行案件拓展到积案、难案、存在地方保护或部门保护可能的案件，功能已从解决消极执行问题转变为防止权力、关系、人情干扰以及遏制执行权滥用或腐败。交叉执行的方式包括但不限于督促执行、指令执行、提级执行、集中执行、协同执行。依《交叉执行意见》第4条，上级法院对无正当理由超过六个月未执行且存在消极执行或拖延执行问题、受到非法干预、重大疑难复杂的案件可以责令执行法院限期执行，也可以指令辖区内其他法院执行或直接提级由本院执行。对行为义务的执行，执行法院自立案之日起超过六个月未依法采取相应执行措施的，即构成“消极执行或拖延执行”。案件涉及公共利益，即属于“重大疑难复杂”。行政公益诉讼履行判决执行案件涉及公共利益且易受到非法干预。在所有行政公益诉讼案件由跨行政区划法院集中管辖之前，由上级法院指令执行或提级执行是目前制度框架内的最优选项。

过往检察公益诉讼诉前程序案件远远多于起诉案件，行政公益诉讼在起诉案件中占比长期最低。“诉前实现保护公益目的是最佳司法状态”理念已被修正，以适格诉讼主体、公益损害事实、法律明确授权和行政违法行为作为基本要素的检察公益诉讼“可诉性”标准方兴未艾。唯有起诉案件达到并保持合理的规模，检察公益诉讼才能实现高质量发展。既有研究成果对检察公益诉讼的管辖、立案、调查、制发检察建议、发布公告、起诉、出庭关注较多，呈现出“起诉主体中心主义”和“前端性”色彩，而对庭审后法院如何结案、裁判生效后如何监督、履行判决如何执行关注较少，以致无法很好地为相关规则的设计提供智力支持。本文以最大化保护公共利益为逻辑主线，遵循诉讼基本原理，尝试破解检察公益诉讼的后端性难题。