本文中的政府合同系指行政机关与私主体之间订立的合同。对于此类合同，公法学说提出“行政协议”（或“行政合同”）的概念，与行政机关订立的所谓“民事合同”相区分。这一区分的意义首先在程序法层面，“行政协议”与“民事合同”由人民法院不同的法庭管辖并适用不同的诉讼程序。而更为重要的区别在实体法层面，行政机关订立的“民事合同”属于私法关系，由民法规范调整。“行政协议”则是由公法调整的行政关系。不过，由于《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）存在第153条这样的引致条款，“民事合同”并非不受公法调整。又因为公法中欠缺关于合同订立、效力、履行、违约救济等一系列规则，“行政协议”亦不得不“参照”或“准用”民法规范。为此，公法学说提出“行政协议”兼具“行政性”与“合意性”,其“合意性”意在说明此一准用的原因。由此看来，“行政协议”与“民事合同”在法律适用层面的差异似乎并没有那么大。

但是“行政协议”的“行政性”与“合意性”并非总能调和，私法奉意思自治为圭臬，公法则以依法行政为原则。就“行政协议”的合法性审查而言，到底应采用哪一套逻辑？“行政协议”究竟是“法无禁止即可为”，还是“法无授权不可为”？不同的审查逻辑在价值判断、举证责任、法律效果上均存在差异，在《民法典》第153条第1款将法律行为不得违反之法源位阶限制为法律和行政法规的背景下，这一差别更为明显。对此，公法学说多认为“行政协议”的“行政性”优先于“合意性”。行政机关订立、履行行政协议必须坚持依法行政原则，人民法院审理行政协议案件，必须对订立、履行行政协议行为的合法性进行全面审查。从最高人民法院的行政协议审判实践来看，其赋予依法行政原则更高的优先性，合法性审查的规范依据涵括了所有合法有效的规范文件。在一份行政裁定中，最高人民法院指出：“人民法院审理行政协议案件，应当按照《行政诉讼法》的规定，依据法律法规、参照规章，全面审查被诉行政协议行为的合法性，不是审理合同纠纷案件，不能按照合同法的规定，以行政协议不违反法律、行政法规的强制性规定为由，认定行政协议行为合法有效。”以上规定揭示出区分“行政协议”与“民事合同”的要害所在，即对前者的合法性审查不同于后者。

然而，仔细推敲前述理论建构，并非没有问题。首先，这一做法将政府合同人为割裂，忽视行政机关订立“民事合同”也应符合法治原则。行政机关的一切职权均来源于人民的授予，其开展活动的一切物资均取之于民，其一切活动的目的亦应服务于民。将政府合同区分为“行政协议”和“民事合同”，认为只有“行政协议”涉及行政权的行使和公共利益才必须贯彻依法行政原则的观点是不全面的，行政机关订立“民事合同”也不应该脱离法治轨道，因为行政机关不存在脱离公共利益的部门利益。以政府采购合同为例，行政机关采购物资虽是为了满足自身运行需要，但行政机关维持运转之总目的却是为了履行职责服务公众。并且，行政机关一切经费均来源于税收，其使用须受预算法和政府采购法等法律规制，不能完全听凭行政机关的自由意志。

其次，这一做法不符合同类事物同等处置的法治要求。学界对于“行政协议”与“民事合同”的区分标准可谓聚讼纷纭。不仅民法学者对其多有质疑,即便在公法学者之间也莫衷一是。《行政协议解释》将“行政协议”定义为行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。有学者从中提炼出“行政协议”四要素，分别是主体要素、目的要素、内容要素、意思要素。其中，除主体要素较为明确外，其他要素均非常抽象，较难准确把握。有学者指出，“具有行政法上权利义务内容”不等于“行政协议”，行政机关也可能通过“民事合同”完成行政任务。是故，行政机关即便订立同一类合同，究竟属于“行政协议”还是“民事合同”，不同法院往往也有不同认识。例如，因国有土地使用权出让引发的纠纷，人民法院并非一概以民事案件受理，行政裁判的实例亦不乏见。如果这种分歧仅关涉受理案件的法庭和诉讼程序，尚且可以接受，但是二者在司法审查逻辑上存在根本差异，则不免引发同案不同判的担忧。

最后，这一做法使司法审查进退失据，审查结果难以自圆其说。让“行政协议”严格遵循依法行政原则，意味着行政机关作出和实施“行政协议”必须具有职权依据、事实依据、规范依据并符合法定程序,否则就会越权无效。其本意在于确保行政机关依法行事，不损害相对人和社会公共利益，但现实却事与愿违。让“行政协议”的效力受到规章、地方性法规、规范性文件等广义之“法”的制约，不仅可能损及合同相对人的合理信赖，甚至可能成为行政机关逃避履行合同义务的借口。在一个案例中，由于行政机关在协议订立过程中存在程序瑕疵，其效力便受到质疑。有鉴于此，司法机关在审查“行政协议”效力时并未严格贯彻违法即无效的立场，而是认为须兼顾相对人的合理信赖，肯定“行政协议”违法亦可能有效。但如此面临的诘问在于，行政机关违法却没有导致任何违法后果，认定违法的意义何在？是否意味着法律允许行政机关违法缔结合同？违法而有效的“行政协议”对依法行政原则势将构成一种挑战。

前述问题的成因，在于当前过分强调“行政协议”的特殊性，而将之比照行政行为进行审查，但“行政协议”毕竟不是行政行为，强行比照违背事物本质，不仅人为割裂政府合同，造成同类事物被不同处置，亦造成“行政协议”的合法性审查进退失据，结论自相矛盾。有鉴于此，有必要重新反思“行政协议”的定位，构建与其本质属性相适应的合法性审查模式。