然而，不论采纳哪一种定义，“行政协议”都无法被涵括到行政行为之中。尽管各路学者对行政行为的定义存在差异，但其共识在于行政行为必须是行政机关实施的行为。缔结“行政协议”虽然也需要行政机关参与，但仅凭此显然无法达成协议，还需有相对人的意思表示参与才能形成合意，因而“行政协议”是行政机关与私主体两方行为结合的结果。由于作为私主体的相对人的意思表示行为无论如何不可能是行政行为，将“行政协议”定位为行政行为只关注到行政机关的行为，而无法涵盖私主体一方的行为，如同胚胎虽由精细胞和卵细胞结合而成，人们却不能仅以精细胞或卵细胞来定义胚胎一样，当前公法学说关于“行政协议”的定位在一定程度上存在以偏概全的问题。正是这种定位偏差，司法审查忽视了相对人一侧，在“行政协议”效力评价上对相对人信赖利益保护不足，不能说没有这方面的原因。

“行政协议”不是行政行为，而协议是指合意，即当事人意思表示一致。在大陆法系传统学理中，合同被认为是一种“合意”或者“协议”，我国亦不例外。故“行政协议”也应该是一种合同。对此，多数公法学者亦不否认。只不过按照当前公法学界的主流意见，“行政协议”是一种与“民事合同”不同的合同，因此需要适用不同的法律规则。

对于前述观点，首先有必要澄清的是，我国《民法典》中只有“合同”概念，而没有“民事合同”的概念。抛开“民事合同”这一概念是否存在不谈，暂且将之视作对民事主体之间缔结合同的代称，那么“行政协议”是否存在不同于“民事合同”的特征呢？答案是肯定的，有学者总结出“行政协议”区别于“民事合同”的以下特征：主体的法定性、主体地位不平等、以行政职责为前提、行政主体具有优益权、以行政目标为目的、适用行政法规范、具有行政法上的权利义务等。但问题在于，具有与“民事合同”不同的特征，并不能当然得出需要适用不同法律规则的结论，因为即便在“民事合同”内部，不同类型的合同也存在诸多差异，如双务有偿的买卖合同与单务无偿的保管合同不同，作为双方行为的租赁合同、委托合同与作为多方行为的合伙合同不同等。因此，问题的关键不在于“行政协议”是否具有不同于“民事合同”的特征，而在于这些特征是否具有“质”的决定性，动摇其作为合同之根本属性。

就此而论，认为“行政协议”主体具有法定性不足以说明问题，因为法律对不少“民事合同”的缔约主体也提出了要求，如订立建筑合同的承包人须取得相应建筑资质，开展放贷活动或融资租赁业务须取得金融牌照等。是否适用行政法规范则是定性的结果而非前提，将其作为“行政协议”的特征实际上是倒果为因。梳理当前学界的讨论，有三种观点可能动摇“行政协议”的合同属性，有必要予以澄清。

1.关于“行政协议”双方主体是否平等

有观点认为，相较于民事合同双方是平等主体，“行政协议”中一方主体必须是行使公权力的行政主体。在一个案例中，人民法院认为“双方当事人不是平等的民事主体，该合同属行政合同”。这一观点实际上是误将高权行为中行政机关的角色带到合同关系之中，正如有学者所言，行政机关的身份具有多重性，在不同法律关系中具有不同的地位和身份。在行政机关行使行政职权时，其与行政相对人是单向度的行政管理关系，而在参与民事活动时，则其与对方当事人形成平等的民事主体关系。《民法典》第96条将机关法人规定为特别法人，亦表明行政机关可以平等主体身份参与到合同关系中。

合同的本质是合意，合意即代表了平等协商和相互尊重，任何一方都不能仅凭自己的单方意志去决定他人的行为。诚如康德所言，要求“别人去履行一种特殊行为的自由意志”本质上是对他人积极的自由意志的占有，按照其普遍法则，这种占有只能通过两个人联合意志的行动，这种联合意志，就是契约。不论行政机关缔约的目的是什么，既然其选择与相对人缔结合同，就意味着其必须与相对人从平等的地位出发，通过协商方式来达成合意，以建立彼此之间的权利义务关系。当然，“行政协议”中双方当事人可能存在事实上的力量不平等，但这并不能否定双方法律地位上的平等，如同在“民事合同”中亦存在经营者与消费者之间事实上的不平等那样。

2.关于行政优益权

有观点认为，行政机关在“行政协议”中拥有行政优益权，这一行政特权表明其不同于“民事合同”。有学者指出，在“行政协议”中，作为签约人一方的行政机关不以通常的民事合同主体权利义务对等关系而存在，而是保持其原有公权力主体的身份，单方享有对合同行使公权力的强制性特权，比如，对合同履行的指挥权、单方变更合同标的权、单方解除合同等。这是一项典型的公法上的权力而不是私法上的权利。假如行政机关在“行政协议”中真的拥有这些普遍的行政特权，确实会动摇其作为合同的根本属性，然而事实并非如此。

首先，部分学者对行政优益权理论存在一定误解。该理论起源于法国，由于法国存在普通法院和行政法院两套司法体系，为确定行政法院的受案范围，判例遂确立了两项条件：一项是主体标准，另一项是合同中必须存在普通法之外的条款或者合同内容必须与公共服务相关。所谓普通法之外的条款，即行政机关享有单方变更、解除和监督对方当事人等特权。后来成文法和判例法将这些特权作为行政协议的特殊规则，即便协议中没有约定，行政机关也享有这些特权。然而必须注意的是，尽管法国学理普遍认可行政机关在协议中享有特殊权力，但这些权力的行使受到严格限制。从实践来看，行政部门只在极少数情况下才运用此种权力，因为尽管其有权单方面解除或变更合同，但这种权力的行使本身就构成违约，行政部门将因此付出昂贵的代价。学界不能无视行政优益权理论在域外产生的背景原因和制度基础，理所当然地将其视作我国法上的当然结论。

其次，行政机关拥有普遍的行政优益权的观点不符合法治原则。依法行政，要求行政机关的一切行为必须在法治轨道上运行，我国没有一部法律规定行政机关在“行政协议”中拥有普遍的行政特权，行政优益权在我国缺乏制度支撑,此其一。其二，行政优益权与维护公民权益的公法价值导向不符。行政机关采用协议方式替代单方高权行为，其首要功能即在透过合同之缔结，可以更好地保护当事人及其他利害关系人的权益。因为较之行政行为，协议方式所体现的磋商和讨价还价空间，为公民提供了更多参与决定的机会，使其不至于因未参与协商便招致权益损害。正如有学者指出的，之所以承认“行政协议”有不同于民事合同之处，不是因为特权，而是因为控权。在行政机关事实上已处于优势地位的情况下，强调行政优益权无异于雪上加霜。其三，部分法律规定行政机关对相对人履行协议有监督管理权，这是行政机关依法享有的法定职权，不是基于协议产生的行政优益权，这些权力来源于协议之外而不是协议之内。在“行政协议”关系中，行政机关只是平等的参与者，不能既当“运动员”，又当“裁判员”。其四，有些“行政协议”中约定了行政机关拥有单方变更、解除合同的权利，我国有些法律也规定行政机关拥有特定条件下的合同解除权，例如，《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第14条规定：土地使用者应当在签订土地使用权出让合同后六十日内，支付全部土地使用权出让金。逾期未全部支付的，出让方有权解除合同，并可请求违约赔偿。不能从这些约定和规定中得出行政机关享有普遍行政优益权的结论，相反，行政机关拥有的这些合同权利可以被民法规则所解释，属于合同约定或法定解除权范畴。

3.关于公共性

有观点认为，“行政协议”具有公共性，行政机关所处分、交易的资源都属于公共资源范畴，是由国家代表全民所有而非私人所有的财产，应受公共性逻辑而非私法自治逻辑支配。从公共资源角度出发，应将行政机关通过合同出让公共资源的权利建构为公法上的分配权，将公民通过合同而获得公共资源的利益建构为公法上的公平分享权。基于此，“行政协议”的双方均不享有合同自由。