与前述方案对合同作横向分割不同，有学者借鉴德国的双阶理论，提出可对政府合同作纵向分割，以PPP协议为例，其将协议的法律性质划分为两个阶段：第一个阶段为PPP协议签订之前，应当属于行政处理行为，适用公法规则。第二个阶段是PPP协议签订之后，原则上应当属于民事合同，适用私法规则，特殊情况下也可以适用公法规则。这一方案的问题在于：以合同签订前后作为规则适用的分割线过于绝对，且未必能够适用于所有类型的政府合同，此其一；其二，将缔约前的行为一律适用公法规则审查未必有利于相对人，例如，认定行政机关超越法定职权订立的合同一律无效，不利于保护相对人的合理信赖；其三，合同签订后未必就不存在行政机关的行政行为，虽然这一方案也考虑到特殊性，承认所签订的合同也可以是公法合同，但同样存在区分标准不明以及未说明如何处置合同之外的行政行为的问题。

笔者认为，与其对合同作纵向或横向的分割，不如直面政府合同中的行政行为，区分合同本身与涉及合同的行政行为分别处理。所谓合同本身，即关于合同成立、效力、履行、违约责任等方面，所谓涉及合同的行政行为则系行政机关围绕政府合同订立、履行、变更、解除等方面作出的单方行为。前者属于私法领域，适用私法规则，后者属于公法领域，适用公法规则。事实上，已有学者注意到二者的不同，如胡建淼教授提出区分行政协议与行政协议行为，“行政协议”是一种“行政性”的合同，“行政协议行为”则是行政主体作出的有关行政协议的“行政行为”。又如朱芒教授在对行政协议案件进行梳理后，总结出两类行政协议争议：第一类是对行政协议的行政行为，第二类是作为行政协议的行政行为。

仔细分析《行政协议解释》条文，可发现区分审查模式已隐含其中。该解释第10条第1款、第11条第1款、第16条、第21条是关于涉及行政协议的行政行为的规定，在举证责任上奉行的也是公法规则。第12条第2款、第13条、第14条、第15条、第17条、第18条、第19条、第20条、第22条等则是关于行政协议本身的规定，基本上属于对民法规则的重申。区分审查模式在第15条中更是得到直观体现，该条规定“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。”

在“梧州市星华投资有限公司等与梧州市人民政府不履行行政协议纠纷案”中，人民法院亦明确表达了区分审查的立场：“在行政协议纠纷之中，若协议相对人对行政机关的订立、履行、变更、解除行政协议等行政行为不服，认为存在重大且明显违法情形的，可以向人民法院提起行政诉讼，人民法院将适用行政诉讼法对被诉行政行为的合法性进行审理，评判被诉行政行为是否存在违反行政诉讼法第75条之情形；若协议相对人对行政协议的效力或部分条款的效力存有异议，亦可以向人民法院提起行政诉讼，人民法院则适用民事法律规范对协议或部分条款的效力进行合法性审理，评判行政协议是否存在违反效力性强制性规定的情形。”

区分审查模式符合事物本质，对政府合同本身适用民法规则进行审查，在维护社会公共利益的同时可以更好地兼顾私法自治与信赖保护，避免相对人因行政机关的单方过错而遭致利益落空，丰富的民法规则亦可为私主体寻求救济提供充分保障。对涉及政府合同的行政行为适用公法规则进行审查，严格贯彻依法行政原则，亦可防止行政机关滥用行政权力。区分审查模式使政府合同与相关行政行为的效力被分别评价，同时满足对行政机关“法无授权不可为”与对私主体“法不禁止即自由”两方面的要求，避免了违法行政行为也有效的自相矛盾。

与政府合同有关的行政行为大体可以分为三类：第一类是作为缔约行为的行政行为。合同因要约和承诺一致而成立，行政机关订立合同作出的意思表示，从私法角度看属于要约或者承诺，从公法角度看则是行政机关作出的产生相应法律效果的行政行为。第二类是作为合同内容的行政行为。政府合同中通常约定了行政机关应当为或不为一定行为，如提供财政支持、办理产权证等，从私法角度看是行政机关的合同权利义务，从公法角度观察则属于行政行为。第三类是行政机关作出的变更、撤销、解除合同的行政行为。在行政诉讼中，人民法院应对这些行政行为进行合法性审查，如果违法，则依据《行政诉讼法》作出撤销或部分撤销行政行为、确认违法但不撤销行政行为、确认行政行为无效等判决。

在区分审查模式下，对政府合同及与之相关的行政行为分别进行审查，各自得出相应的评价结论，如果二者均合法有效则相安无事，如果行政行为因违法而无效，考虑到行政行为或作为缔结合同的意思表示，或作为合同约定的内容，或作为单方变更、撤销、解除合同的行为而存在，行政行为无效亦会对政府合同的效力或履行产生若干影响。

从实践来看，作为缔约意思表示的行政行为存在两种违法无效情形：一是行政机关不具有行政主体资格，或者不具备签订合同所应有的法定职权而缔约。二是行政机关的缔约行为违反法定程序要求。对于第一种情形，由于要约或承诺存在效力瑕疵，合同效力亦会受到影响，不过考虑到相对人的合理信赖值得保护，不妨参照适用《民法典》第504条的越权代表规则来决定合同效力。一方面允许有权主体追认使得合同发生效力；另一方面，即便有权主体未予追认，但是如果相对人为善意时，合同亦应发生效力。对于后一种情形，如果行政机关违反的是法律、行政法规的强制性规定，比如，违反《中华人民共和国招标投标法》的规定，应进行招投标而未进行，或者未按规定进行招投标，则合同无效。如果行政机关违反的只是其内部决策程序，相对人一般对其无从知晓，则应慎重否定合同效力。

对于作为合同约定内容的行政行为违法无效，合同效力存在以下三种可能情形：一是作为合同全部内容的行政行为无效，合同亦因违反法律、行政法规的强制性规定而全部无效。如行政机关在招商引资合同中约定将国有土地使用权直接授予给行政相对人。二是作为合同部分内容的行政行为无效，合同亦因违反法律、行政法规的强制性规定而部分无效。例如，在“红太阳公司诉江苏涟水经济开发区管理委员会投资协议案”中，行政机关与相对人签订的《项目合同书》《补充协议》就投资事项进行了约定，人民法院认定该协议总体上并不违法，但其中要求办理土地分割手续、返还土地出让金、禁止同类物流园建设以及办理码头许可证等约定违反法律法规的强制性规定，应属无效条款。三是涉及行政机关合同义务履行的行政行为违法，而合同本身并不违反法律、行政法规的强制性规定，合同有效但是履行不能。在“王某诉安徽省怀宁县国土资源局土地管理行政出让案”中，王某与怀宁县国土局通过拍卖程序订立的国有土地使用权出让合同并无违法内容，但是由于当地国土局的前置行政行为违法，地块设计规划指标不全，没有确定涉案地块的容积率，不能办理建设相关批准手续，导致合同无法继续履行。

行政机关单方变更、撤销、解除合同的行政行为违法无效，则发生合同未变更、未撤销、未解除的效果。例如，在“马诺诉黑龙江省齐齐哈尔市龙沙区人民政府不履行房屋征收补偿协议案”中，被告城中村改造办未征得马诺同意，将原征收补偿协议中约定的补偿两套住宅单方变更为补偿一套住宅，人民法院认定这一单方变更违法无效，不产生变更效力。