不动产登记的公信力规则也存在界限。按照《民法典》第312、319条规定，对于动产脱手物并不能适用善意取得，不动产虽然不存在遗失、漂流、埋藏、隐藏等脱手的情况，但是仍然可能存在完全不是真实权利人的原因而导致形成错误登记外观，也即类似“脱手物”的情形。比如，相对人在真实权利人完全不知情的情况下，通过伪造材料欺骗登记机构或者胁迫登记机构而将自己登记为新的不动产物权人，或者是黑客入侵登记系统随意篡改了登记权利人，又或者是登记机构工作人员在登簿时出现严重失误，错误记载了不动产权利人。在比较法上，对于这些完全不是真实权利人原因导致登记错误，且相关错误登记的形成也完全不在其风险控制领域的情形，法院也可能排除公信力规则的适用，登记内容对善意第三人也不能产生终局的正确性。我国《民法典》就此并无明确规定，但根据《民法典物权编解释（一）》第20条，本来有物权合意但被依法撤销或者认定无效时都不能适用善意取得规则，那么对于真实权利人与相对人根本没有物权合意，且真实权利人对于登记外观的形成也完全没有可归责性的情形，举轻明重，当然也不能适用善意取得规则。此时如果相对人被错误登记为不动产权利人，第三人从其处善意受让物权后，也就不能确定地取得物权，物权合意的真实含义（没有物权合意）以及对真实权利人的保护仍然优先。

按照上述理解，在抵押权登记的优先受偿范围与抵押合同记载的范围不一致的情况下，应当首先界定所有权人与抵押权人之间设定抵押权的真实物权合意，如果真实物权合意就是抵押合同记载的范围，则应当认为物权合意与登记内容不一致。此时，对于所有人与抵押权人的内部关系来说，仍然应当按照真实物权合意也就是抵押权记载的范围来认定抵押权效力。对于同第三人的关系来说，如果该第三人符合善意取得的要求，则应当按照登记记载的抵押权范围来处理。但如果登记错误外观的形成与所有权人、抵押权人完全无关，不具有可归责性，则仍然应当按照真实物权合意界定的抵押权范围来处理。如果真实物权合意与抵押合同记载不同，而与抵押登记的记载相符，这个时候则应当认为不存在登记错误，直接按照登记确定优先受偿的范围即可。这样来看，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》（以下简称《担保制度司法解释》）第47条要求一律按照登记来认定抵押权的优先受偿范围也就有失妥当。

在物权合意与登记内容不一致的情况下，对于确定错误的登记内容也就可以提出更正申请。《民法典》第220条对此作了规定，《不动产登记暂行条例》《细则》《规程》则加以细化，但主要聚焦在更正登记的程序规则方面，对于登记更正，特别是登记更正请求权的实体规则关注不足。首先，应当区分实体法上的登记更正请求权与登记程序中的登记更正请求权。登记程序中的登记更正请求权是以登记机构为对象，请求其更正错误登记内容的请求权，属于登记程序中的权利。实体法上的登记更正请求权，则是真实权利人以错误登记权利人为对象，请求其协助办理更正登记、出具同意更正声明，以纠正错误登记内容的权利。其次，由于登记具有前述推定力与公信力，发挥着类似占有的功能，所以才有必要在实体法上承认登记更正请求权，从而像保护占有利益一样，保护物权被正确登记的利益，这是物权的重要效力内容之一。正因如此，排除不正确登记、对正确登记利益这一物权效力实现予以救济的登记更正请求权，也就类似妨害排除请求权，属于物权防御请求权。照此理解，则更正请求权应当如其他妨害排除请求权一样，其成立不以义务人有过错为必要，其效力不受诉讼时效限制，而其转让则应当与物权转让一同实施。

不论是解释规则还是推定力、公信力规则都是以解决物权合意与登记在内容上的不一致为目标，但物权合意与登记除了可能存在内容上的不一致外，还会存在时间上的不一致，就此也需要明确相应的效力规则来予以处理和协调。

按照前述的依申请原则，在基于民事法律行为变动不动产物权的情况下，不动产登记的变动应当由物权合意的当事人申请启动和实施，并且登记应当以双方之间的物权合意为基准。这一原则实际上内含了“先合意，后登记”的因果逻辑。但在实践中，登记行为有时可能先于物权合意发生。比如，基于物权合意变更了不动产登记，但该物权合意却被依法认定为无效（例如，欠缺民事行为能力），此后当事人之间又重新作出了一个与在先登记内容相契合的有效物权合意。在这种情况下，登记内容也就先于有效物权合意而存在。

从逻辑上来看，登记机构所依据的物权合意被确认无效后，依据该无效物权合意所做成的登记外观自然也应当无效。但从实质利益衡量来看，虽然登记内容实际上所依据的物权合意无效，但新的有效物权合意仍然支持该登记变动的发生，机械地注销旧登记，后又重新做一个内容完全一样的新登记没有必要。但如果先前的登记完全不是基于物权合意所发生，而是由于登记机构的错误操作或者其他事由（例如继承）产生，这些事由后来又被认定为实际不存在，而且原登记权利人与新登记的权利人（受让人）之间又达成了与先前登记内容相契合的物权合意，这个时候是否又可以保留和承认在先的登记内容？即使先前登记内容的产生完全不是由物权合意当事人所启动，与后面通过物权合意变动物权和登记的基础完全不同。

对于由当事人基于无效物权合意而申请实施的登记来说，当事人如果嗣后又特别达成新的有效物权合意来替代之前无效的合意，这种情况仍应认为符合“民事法律行为+登记”的物权变动模式要求，相关不动产登记能够产生物权变动的效力。毕竟，在先登记也是由物权合意当事人申请启动和实施，而且最终也符合两者之间有效的物权合意，在实质上满足了依申请原则的内在要求。此时如果非要注销在先的登记重新申请新的登记，既缺少实际意义，又浪费登记资源。对于并非基于民事法律行为而实施的登记和相应登记结果来说，即使嗣后做出了与该登记相契合的物权合意，是否仍可以满足“民事法律行为+登记”的物权变动要求，维持在先登记的效力，则存在较大争议。从比较法来看，德国最初的司法实践持反对立场，认为在先登记的基础与嗣后的物权合意不属于同类行为，登记与物权合意之间欠缺内在联系（innerer Zusammenhang），但后期逐渐抛弃了该种内在联系要求，承认引起不动产物权变动的登记与合意可以相互独立，只要两者在内容上相互契合即可满足不动产物权变动的内在要求。这种理解并不是完全放弃了不动产登记当中的申请原则，而是采取了一种更实质主义的理解，即重要的不是登记是否由物权合意当事人申请和启动，而是相关登记在根本上是否符合物权合意当事人的意思。

我国并无“民事法律行为+登记”这一不动产物权变动模式的明确规定，而是从《民法典》第114、133、311条以及《民法典物权编解释（一）》第20条等规定出发，推导出“民事法律行为+登记”的不动产物权变动模式。严格来看，上述规则条文对于民事法律行为（物权合意）与登记并无时间先后、启动实施上内在关联的要求，而仅是强调相关登记与物权合意的内容应当相互契合。在这种情况下，我国更没有必要坚持内在联系的教义，只要在先登记与在后的物权合意相互契合，就应当基于既有的登记来发生物权变动效力，而无需注销登记后重新申请新的登记。但可以要求在登记簿的“附记”项中，特别注明相关登记是依据在后的物权合意产生效力，以特别提示第三人。除此之外，在“先登记，后合意”的情况下，物权变动应当自有效物权合意做出时产生，而非登记时产生。一方面，物权合意生效前相关登记由于欠缺民事法律行为基础，不能产生物权效力，甚至按照前文所述也不能产生公信力。只有当物权合意生效后，相关登记才符合了产生物权效力的实质要求。另一方面，在后物权合意生效时发生物权变动的理解，也不违背我国既有的法律规定。《民法典》第209条所谓“经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力”并非登记后即产生物权效力的生效时点规则，而仅是揭示了登记作为物权效力必备条件的法定要件地位。