我国行政协议制度的发展与社会主义市场经济体制改革及我国政府职能转变紧密联系，其在柔化公共权力的同时，亦旨在保障公共利益、监督公共权力，寻求以市场交易方式更高质量地提供公共服务。这使行政协议制度具有了公私法融合的特征。而我国仲裁制度的发展，同样得益于社会主义市场经济体制改革，在回归作为民间自治纠纷解决机制这一本质定位的过程中，逐步与我国本土环境相适应。新修订的《仲裁法》更为其作为民间自治纠纷解决机制更好地获得社会信任提供了制度保证。

将仲裁制度引入行政协议纠纷的解决，关键在于如何构建适应行政协议之公私融合特征的专门仲裁制度。为此，以我国现行《仲裁法》为基础，结合全球层面国际投资仲裁“去商事化”改革实践，本文提出可以开展下述一系列的改革探索：

第一，在以“财产权益纠纷”定义行政协议可仲裁范围的同时，将与合法性审查息息相关的“公共职权纠纷”和“协议效力纠纷”排除出可仲裁之范围。

第二，在明确仲裁审理行政协议争议应当适用行政法律规范及《民法典》等民事法律规范的同时，赋予协议当事人以仲裁裁决违背公共利益为由提请撤销仲裁裁决及申请法院不予执行的权利，同时提醒最高人民法院应注意区分纯粹商事争议与行政协议争议在损害公共利益监督上的不同门槛，特别是要更细致、全面地分析公共利益与强行法之间的复杂关系。

第三，在遵循仲裁整体程序框架的同时，改善其程序的透明性和参与性，要求行政机关缔结仲裁协议必须明确仲裁应当公开进行，以充分接受社会监督，并允许代表相关公共利益的第三方以恰当方式参与仲裁程序，包括向仲裁庭提交相关事实或法律问题的意见。

总之，行政协议与商事仲裁之间虽存在天然抵牾，但也并非决然对立，未来应当以更细致的制度构建探寻平衡各自特征的中间道路，通过统一行政协议法的专门立法以及仲裁机构编撰专门的行政协议仲裁规则逐步调和二者之间的关系，以寻求在行政协议纠纷解决端的公私融合，助力推进我国政府以协议方式履行公共职责的法治化构建。