商事仲裁制度起源于中世纪欧洲民间调整商事关系的商人习惯法，“在发生争议时，商人们通常都会自己选任中间人，采用较为简单的形式和程序，依照公平合理的原则来处理”。学界对于商事仲裁的本质探讨主要有“准司法说”和“民间说”，前者强调仲裁权是司法权的让渡，后者认为仲裁的基础是私法自治。

此二说本身其实并不矛盾：在现代主权国家范式下，民间自治的存在本身就需要获得国家某种程度的认可，将商事仲裁的本质定位为民间自治纠纷解决机制，也就蕴含了其获得国家承认这一前提。申言之，仲裁一方面以当事人的意思自治为基础，即当事人对于自身纠纷自主选定解决方式并承诺承担由此导致的后果；另一方面也离不开国家的承认和支持，当事人可通过仲裁协议排除国家法定的诉讼渠道，并为仲裁裁决的执行提供强制力保障。

商事仲裁制度在我国得以建立，同样得益于我国于20世纪90年代启动的社会主义市场经济体制改革。1994年通过《仲裁法》，立法者力图改变过去仲裁分散化、行政化的情形，确立仲裁机构的民间性和自治性，肯定仲裁协议的自愿性和排他性，明确仲裁裁决的终局性。虽然该法在涉外仲裁与国内仲裁上依然保留了一定程度的双轨制，但这部立法仍然标志着反映仲裁自身规律的民间性的新型仲裁制度行将取代计划经济条件下形成的行政性国内仲裁。这也就意味着，我国的仲裁制度开启了向商事仲裁作为民间自治纠纷解决机制这一本质定位的回归。

我国仲裁制度回归民间自治纠纷解决机制这一本质定位的历程并非一路坦途。一方面，我国的仲裁机构仍未能完全摆脱行政体制的束缚，普遍存在“民间性”不足的问题。虽然1994年《仲裁法》第8条规定了“仲裁依法独立进行，不受行政机关、社会团体和个人的干涉”。但其组建并非完全由民间组织完成，而是需由市的人民政府组织有关部门和商会统一组建，并应当在省一级司法行政部门登记。上述归口管理的行政化设置导致在实践中，这一（民间化）立法目的显然没有完全实现。

当然，这也与仲裁机构的盲目扩张有关，由于缺乏案件，仲裁机构无法实现自收自支，因而政府不得不给予财政上的补贴和提供办公场所等方面的帮助。而民间化不足的更为底层之原因在于：在市民社会发展较弱的地区，仲裁机构更可能将借助国家的力量推广仲裁并获得财政支持作为一种理性选择，而当地政府的对口管理部门，也倾向于维持对仲裁机构运行的既有影响。

正是由于上述彼此需要的底层逻辑，仲裁机构的行政化程度在许多地方不但没有随着仲裁机构成立时间的增加而减弱，反而呈不断加强之势。在提出上述论断十年后，仲裁法学者依然指出，相比于其他法律服务，仲裁机构的去行政化改革相对滞后，因此应始终是仲裁机构改革的首要任务。近年来，在围绕《仲裁法》修订的学术讨论中，到底应当实现何种程度的民间化，比如是否应当摆脱事业单位的定位，仍然是立法争论的主要议题之一。

另一方面，仲裁自治与国家监督之间的关系还未完全厘清，其自治性的边界仍模糊不定。国家对仲裁的监督，表现为司法对仲裁裁决的撤销及执行。在1994年《仲裁法》立法之初，立法者就坚持司法对仲裁裁决的“弱审查”原则：

第一，被动性审查，即法院不能在无当事人申请情况下主动干预仲裁。

第二，程序性审查，对于法律适用，法院事实上无法对裁决适用法律是否正确作严格的审查，而对于事实认定，即便1994年《仲裁法》内外有别，涉外商事仲裁是严格地仅进行程序审而不做实体审，国内商事仲裁也仅审查证据是否伪造、当事人是否隐瞒了足以影响公正裁决的证据，可见，立法者的基本态度依然是法院对仲裁裁决只应审查程序问题而不应进行实体审查。

第三，谦抑性审查，《纽约公约》对于仲裁的执行设定了“公共政策”的底线，其在大陆法系表现为“公共秩序”，于我国则被表达为“社会公共利益”。1994年《仲裁法》也有规定“人民法院认定该裁决违背社会公共利益的，应当裁定撤销”。

然而，最高人民法院一直严格把控以社会公共利益之理由撤销裁决或不予执行，这一方面表现于撤销或不予执行的裁定皆应提前向上级人民法院乃至最高人民法院报告的制度安排；另一方面表现于对何谓“社会公共利益”采取了严格的缩限解释，最高人民法院至少明确了以下情况不构成对我国社会公共利益的违反：其一，仅仅涉及部门或者地方利益；其二，违反我国法律的单项强制性规定。近年来，最高人民法院依然维持着对“社会公共利益”采取严格缩限解释的司法政策。

司法对仲裁裁决之“弱审查”原则，根源于商事仲裁对于效率价值的突出强调。当然，仲裁制度依然强调公正价值的重要性，但对于仲裁裁决公正与否的判断乃被置于自治原则和效率原则之下：既然当事人意思自治选择了以仲裁解决纠纷，那么只要仲裁程序符合自然正义的要求，当事人对仲裁员在法律或事实方面的错误原则上也予以接受，因为对于当事人而言，进行缓慢而又耗费金钱的上诉程序，对他们来说不见得是个明智的选择。

也正因如此，效率价值对于商事仲裁而言具有本位之地位，即使仲裁裁决有瑕疵，只要不是违背仲裁程序的根本性规定，法院和当事人均应受到仲裁裁决的拘束。

然而，司法对仲裁的“弱审查”并未支撑仲裁获得足够的公信力。为增强仲裁的公信力，2025年《仲裁法》就明显突出了对仲裁的监督要求，即强化监督机制。2024年《仲裁法（修订草案）》中曾经显著强化司法行政部门对仲裁的监管职权，即“省、自治区、直辖市人民政府司法行政部门对违反本法规定的仲裁委员会及其组成人员、工作人员责令改正，视情节轻重给予警告、通报批评、上一年度收费金额百分之一以上百分之十以下的罚款、没收违法所得、限期停止仲裁活动、吊销登记证书等处罚”，但在仲裁界的反对下，最终通过的《仲裁法》并未确立上述具体的处罚条款，而是将强化监督的重心放在完善仲裁机构、仲裁员、仲裁协议制度上，通过立法对上述三方面的内容进行细致的规定。

不难理解，司法的“弱审查”虽维护了仲裁的“自治性”，但不足以支撑其赢得“公信力”，国家遂以各种方式完善相关的监督机制。

综上，商事仲裁乃是民间自治的纠纷解决机制，但在我国的实践中，其民间性和自治性皆面临挑战：自治之名虽可以免于国家的强监督，但长此以往也会损害仲裁的公信力，而国家以其他方式完善监督机制，这又可能阻碍其民间化的进程。对行政协议可仲裁性的讨论，正是在上述背景下展开。

《行政协议司法解释》第26条规定：“行政协议约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效，但法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定的除外。”该条款一方面否定了行政协议争议可无条件提交仲裁的可能性，这是考虑到行政协议中的公共利益、公共权力因素本身超越了仲裁作为民间自治纠纷解决机制的“民间性”“自治性”定位。另一方面，该条款也并未绝对排除仲裁解决行政协议纠纷之可能，而是规定“法律、行政法规”可另行规定，这便为后续根据仲裁制度的发展状况进行专门制度构建保留了可能。

2018年耿宝建法官就曾撰文指出，行政诉讼是否概无例外地排除仲裁，仍有讨论的空间，但同时承认仲裁裁决仍应坚持司法最终原则。在最高人民法院行政审判庭的释义书中也曾指出行政协议并非绝对排除仲裁。考虑到行政协议所具有的协议性，可随着社会经济的发展，在仲裁法修改时，适时纳入仲裁范围。要言之，《行政协议司法解释》的起草者乃希望随着仲裁制度自身的发展，通过后续的专门立法及修法，系统性地设计通过仲裁方式解决行政协议纠纷的完整解决方案。