需要注意的是，20世纪90年代的政府职能转变尚属于单向性的政府放松监管，即政府经济管理部门要转变职能，专业经济部门要逐步减少，综合经济部门要做好综合协调工作，以培育和发展市场体系。因此，政府以民事合同处置公共资产，符合彼时的改革方向。即便有行政法学者主张将国有土地、政府采购等处置公共资产的协议纳入行政协议范围，但其与民法学者之间的争论尚停留于不同学理观念的表达，而缺乏实际改革需求的支撑，因此实践中仍普遍以民事合同的形式对待之。鉴于仲裁所关注的主要是公共资产处置这一协议类型，所以，在这一阶段，上述协议的可仲裁性并没有受到实际挑战。

进入21世纪，我国政府职能转变的方向不再是单向性地放松监管，而是开始一并强调提升政府的公共服务职能，二者统一于向服务型政府转变之目标。2003年中共中央第十六届三中全会做出《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，提出“完善政府社会管理和公共服务职能”。

2005年第十届全国人民代表大会第三次会议《政府工作报告》在“加快转变政府职能”部分，特别强调“更加注重社会管理和公共服务，把财力物力等公共资源更多地向社会管理和公共服务倾斜，把领导精力更多地放在促进社会事业发展和建设和谐社会上”。

2006年中共中央第十六届六中全会做出《关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》，在政府职能转变上再次明确“建设服务型政府，强化社会管理和公共服务职能”之目标，要求到2020年，“基本公共服务体系更加完备，政府管理和服务水平有较大提高”。要言之，政府不仅要放松监管，减少对市场的干预，还要积极提供服务，促进社会关系的和谐。

与上述政策要求相适应，2002年以来，我国政府开始日益积极地通过市场交易优化公共服务供给。公共服务之特许经营权即构成一类公共资产，政府特许经营协议也属于前述的第二类行政协议，即处置公共资产类协议。

在2002年之前，政府特许经营协议尚处于地方探索阶段，而自2002年起，政府开始主动推进政府特许经营项目，如建设部就在2002年年底出台了《关于加快市政公用行业市场化进程的意见》，强调“建立政府特许经营制度，是为保证公众利益和公共工程的安全，促进城市市政公用事业发展，提高市政公用行业的运行效率而建立的一种新型制度”。

政府特许经营实践亦暴露出难题，其中最关键的便是提供基础设施和公共服务属于政府的职责，委托给社会资本尤其是外商投资人时，涉及公共安全、政府主权保障等风险的防范，要言之，以市场化方式交易公共服务的关键难题在于如何始终充分维护公共利益。

为了更好地保障公共服务供给，政府特许经营的相关制度建设乃将公共权力引入。典型者如2004年建设部发布的《市政公用事业特许经营管理办法》，其第5条强调“公共利益优先的原则”，并授权主管部门监督获得特许经营权的企业履行法定义务和协议书规定的义务，以及在危及或者可能危及公共利益、公共安全等紧急情况下，临时接管特许经营项目。

如果公共服务的运营者擅自停业、歇业，严重影响社会公共利益和安全的，主管部门有权对其进行处罚，包括依法终止特许经营协议，取消其特许经营权，并可以实施临时接管。为了公共利益的需要，政府可以发布公益性指令，获得特许经营权的企业承担政府公益性指令任务造成经济损失的，政府应当给予相应的补偿。

同时，为了更好地保护公共利益，该办法还明确了社会公众对市政公用事业特许经营享有知情权、建议权，并且企业若提出解除协议的请求，为了保证公共服务的持续提供，该请求必须提前提出，且在主管部门同意解除协议前，获得特许经营权的企业必须保证正常的经营与服务。

可以看到，即便进入市场交易，由于交易标的涉及公共服务经营权这一公共资产，在制度设计上依然需要保留政府介入的公共权力。当然，这也埋下了行政机关以公共利益之名违法滥用公共权力的可能，正如于立深在对行政合同纠纷实践进行梳理后指出，行政合同之所以经常演变为行政处罚、行政强制这两种行政行为的争议，主要原因在于行政主体将合同自我规制之外的行政管理权力带入了行政合同履行当中，即行政机关将行政管理者与合同当事人之身份混同，导致公共权力的滥用。可见，行政协议制度设计既需要考虑如何维护公共利益，也要考虑如何监督公共权力，二者不可偏废。

之所以行政协议制度需要考虑维护公共利益，乃是为了避免政府将公共服务委托他人经营后“遁入私法”，推卸自身的公共责任。

例如，在德国行政法上，民营化是国家与私人之间在执行责任（Erfüllungsverantwortung）上的分担，而国家对于公共产品和公共服务的给付所负有的保障责任（Gewährleistungsverantwortung）则保持不变，正是由于政府始终承担着对公共产品、公共服务的“保障责任”，所以相关的制度建设必须夯实政府维护公共利益之基础。

又如，结合水务领域的政府特许经营实践，宋华琳提出政府在授予特许经营权后，仍然应当履行在价格规制、质量规制、普遍服务义务、公众参与和知情权保障等方面的监管职权。

面对上述监管职权的引入，行政协议的制度设计还必须考虑如何监督公共权力。如周佑勇所言，“国家的介入活动应当有所节制，并对特许经营者的合法权利保持应有的尊重”，因此主张引入行政法的一般原则予以统制，包括平等原则、法律保留原则、信赖保护原则、比例原则，并构建配套的“程序装置”。

其中行政法上的平等原则，区别于民事合同中平等原则对双方交易关系平等之要求，而是强调行政机关应当确保当事人皆享有平等竞争之机会，特别关注差别对待问题。法律保留原则更直观地约束公共权力的行使，其将政府对特许经营基础设施与公用事业的接管行为，与《立法法》第11条第（七）项关于“对非国有财产的征收、征用”进行规范衔接，由此认定对该项权力的授予和执行“只能制定法律”，从而进一步收紧了行政机关在协议关系中的公共权力。

需要特别强调的是，前述的公共服务保障、公共权力监督机制皆明显属于公法规范，但行政协议制度并不排斥民商法的适用；相反，行政法学界普遍主张行政协议在法律适用上应当一并引入民商事法律规范。

如江必新在构建行政合同法律制度时，既列举了行政主体所享有的“行政性权利”，也列举了“契约性权利”，后者包括根据其给付获得对价的权利、要求兑现承诺的权利等，这正是民事合同当事人所享有之合同权利的再表达。在审理行政协议纠纷时，江必新进一步明确指出，“民事合同中关于可变更、可撤销合同的有关规定同样适用于行政协议”。梁凤云一方面主张行政协议争议应以合法性审查为主线，另一方面亦强调要参照适用合同法规范。

在学理层面，于安在探讨政府采购合同的法律适用规则时就曾指出，政府采购合同应当同时适用合同法与公法特别规则；余凌云教授也明确指出行政协议乃是“混合合同”，其纠纷解决，基本适用合同法，只有行政协议在签订、履行过程中发生的局部个别的行政争议，才有必要采取公法方式进行“外科手术式”精准“治疗”。

《行政协议司法解释》是上述学界共识的规范表达，这具体表现为该解释第27条第2款——“人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定”。在行政协议之下，民事法律规范与前述公法规范之间仅因特别法优于一般法之基本法理而存在适用上的先后关系，并不存在部分民法学者所担忧的排除民商事法律规范适用之可能。

总之，行政协议制度之理论内涵可区分为两层：第一层为柔化公共权力，适用领域为行政管理职权所能覆盖之范围，即支撑行政机关将本可通过高权方式实施的行为置换为协议行为。第二层为保障公共利益、监督公共权力，适用领域为行政机关通过交易方式处置公共资产的情形。在第二层情形下，行政协议制度设计既要避免政府“遁入私法”导致公共利益缺乏保障，也要避免行政机关以公共利益之名滥用公共权力，同时，作为交易关系之基础的行政协议亦适用合同法律规范。