司法权的有效行使无论是对于维护有效的市场秩序，还是限制经济行政机关滥用权力，都具有极为重要的意义。在古典的法治框架下，“法治行政包含两个方面的内容：一是依法律行政原理，二是保障依法律行政原理得以实现的行政裁判制度”。为此，确保法治行政的完整性，除了在制度层面强调依法律行政外，还必须重视司法机构在权力监督的积极功能。鉴于行政机关在优化营商环境职责行使的法律身份的差异性和法律手段的多元性，如何对具体法律关系中的行政机关的法律身份进行定性，就显得尤为必要。在发生法律争议时，这种法律身份的识别和定性的任务主要由法院来完成。为此，法院应当在个案中对国家介入经济生活的角色进行深入分析，并结合不同角色所面临的合法性约束，在“维护公共福祉”和“保护私经济主体的竞争自由”两大任务之间进行审慎权衡，而不应过度偏袒任何一方。

强化司法机关在破除地方保护中的作用，首先需要从制度上保障司法权的独立性和统一性，准确在宪法框架内规定审判权。在我国的司法体系中，虽然司法权本质上是中央事权，但地方司法机关的实际运作依然可能受到地方利益的影响。因此，优化司法体制和制度设计对于防止地方保护主义至关重要。

优化司法体制的关键在于两个方面。其一，必须防止地方保护主义的影响，避免地方司法机关受到地方利益的干扰。这要求通过相应的改革措施，确保地方司法机关在处理案件时的独立性和公正性。其二，提升司法机关的能力也是必要的，这包括加强对司法机关的资源配置和制度保障，确保其具备处理复杂案件，尤其是跨行政区案件的能力。为保障全国范围内司法裁判标准的统一，应适时对最高人民法院巡回法庭制度进行优化，进一步明确最高人民法院巡回法庭的主要职责是保障跨行政区案件裁判标准的一致性。此外，增强巡回法庭的权威性，赋予其更大的权限和资源，不断提升其在跨地区案件中的裁判效能和公信力。

同时，强化人民检察院对地方保护行为的法律监督职能。探索赋予检察机关针对地方行政措施和政策性措施中可能存在的地方保护提起公益诉讼的职权。同时，建立健全检察机关对地方保护行为的监督机制，定期评估可能存在的地方保护行为，充分发挥法律监督权，营造市场公平竞争的环境。