以略式程序法理为基础，司法确认程序采取形式审查。为保障程序的正当性，当出现实质争议时当事人可选择转为诉讼程序；裁定不具既判力，当事人对裁定有异议可以提起异议撤销救济。对征补协议进行司法确认的目的是预防征迁纠纷，因此仅依据初步证据进行形式审查便可。初步证据指根据初步观察、依据表面特征，无需进一步实质调查便判断某项事实是否成立的证据。在征补协议司法确认程序中，当事人需提交初步证据证明征补协议合法合约、征收程序及磋商程序合法正当。如在申请集体土地征补协议司法确认时，当事人需提交土地征收启动公告、社会稳定风险评估报告、征地补偿安置方案、补偿安置公告、召开听证会的证明材料、已通过征收申请的审批材料、土地征收公告及双方签订的征补协议等材料，法官依据上述材料进行形式审查便可作出判断。

在采取形式审查时，为预防法院异化为“橡皮图章”，依据略式程序法理，可为征补协议司法确认程序配置以下保障措施：第一，建立公众及相关人监督机制。因征补协议涉及公共利益，在征补协议司法审查时，法官认为公共利益、第三人及相对人合法权益可能受到损害时，可召开听证会或传唤利害相关人向其了解情况。对于类似情形，《法国民事诉讼法法典》第1566条也规定，认许程序中，法官认为有必要的可以传唤当事人并听取其意见。第二，司法确认程序中，当事人异议构成实质争议时，需终结司法确认程序，协议相对人可选择转为诉讼程序。当事人公正解决征补协议纠纷的权利并未被剥夺。第三，提出异议撤销救济。法官作出司法确认裁定后，当事人及案外人对裁定有异议的，可提起撤销程序。理论及实践对司法确认裁定是否具有既判力持不同见解。司法确认程序不进行实质审查，当事人仅具有最低限度程序保障，依据程序保障原理，裁定不具既判力，但具有形式确定力和执行力。立法及司法解释当前并未明确司法确认程序的救济机制，司法实践中出现了上诉、再审和异议撤销等救济方式并存的局面。依据程序相称原理，征补协议司法确认程序仅采取形式审查，因此救济门槛不宜过高，当事人及案外人向原法院提出异议，申请撤销裁定即可。需要注意的是，因征补协议兼具“行政性”与“协议性”，征收部门基于“协议性”内容对裁定有异议时，与相对人的救济程序是一致的。

征补协议属于行政诉讼受案范围，但司法确认程序却是民事诉讼法中的制度，征补协议司法确认案件由哪个庭审查更为合适？本文认为征补协议司法确认案件由行政庭审查更恰当。其一，法官需审查征收决定、征收程序、征收与补偿方案的制定等征收行为是否合法正当，这些行为受行政法调整，由行政法官审查较为合适。其二，若在审查征补协议时出现实质争议，协议相对人可将司法确认程序转为诉讼程序解决纠纷。因征补协议属于行政诉讼受案范围，为避免案件从民事庭转移到行政庭，也应由行政庭审查征补协议司法确认申请。其三，由行政庭审查征补协议司法确认申请具有规范依据。《行政诉讼法》第101条规定，法院审理行政案件，关于调解等《行政诉讼法》没有规定的，适用《民事诉讼法》的相关规定。在法国，认许程序的管辖由协议性质决定，民事合同由民事庭审查，行政协议则由行政庭进行司法审查。

征补协议经司法确认后具有执行力，一方无正当理由反悔协议的，另一方可直接申请法院强制执行。但可能出现征收部门行使单方变更解除权、双方发生实质争议等情形，此时该如何处理？

第一，征收部门行使单方变更解除权的规则。正如前文所言，经司法确认的征补协议，不影响征收部门行使行政协议优益权。但实践中行政协议优益权已经异化为行政机关可以任意超越协议框架、无视相对人利益的超级支配权，为部分行政机关任意违约提供了“合法性依据”。有些地方政府对权力行使条件做限缩解释，将其自身利益扩大化为公共利益，如以公共利益、行政规划调整、城市管理需要为由任意单方解除行政协议。有些政府甚至人为“创设”公共利益或虚拟公共利益。因此，行政协议优益权的行使需要法院进行合法性监督。既然征补协议经过了司法确认，表明征收部门已接受了司法监督，因此后续行使单方变更解除权时也需经司法审查。这既是行政权对司法权的尊重，也是防止滥用行政协议优益权，减少行政协议纠纷。经司法确认的征补协议，征收部门行使单方变更解除权时需遵循以下正当程序规则：首先，当出现行使单方变更解除权的法定情形时，征收部门需向法院申请撤销司法确认裁定或变更、解除征补协议。有学者也指出，行政协议单方变更解除权行使的法律效果，应由法院通过司法审查的方式作出判断。其次，法院仅进行形式审查，但需召开听证会。征补协议涉及公共利益，为限制征收权滥用，防范征迁风险，应赋予相对人和社会公众行使知情权、陈述权、异议权的机会。最后，征收部门需提供证据证明出现了行使单方变更解除权的法定情形，当达到高度盖然性证明标准时，法院可准予变更解除征补协议。

第二，协议履行时双方发生争议，不影响协议相对人启动诉讼程序。征补协议经过司法确认后，双方当事人无论因出现新的情况导致协议无法履行而发生争议，抑或就原征补协议发生纠纷，都不影响被征收人提起诉讼程序。因为司法确认程序仅进行形式审查，当事人程序保障不完备，裁定不具既判力，对经司法确认的征补协议发生争议，协议相对人有权寻求诉讼救济。