在行政许可有效期法定的一般情形之下，应当保留一定的例外情形，即在立法机关已经设定行政许可有效期的前提下，其他立法主体与负责行政许可实施的行政机关对法律规定行政许可有效期作出有限改变的情形。例外情形的规定可以保证制度设计在原则性与灵活性之间的平衡，但应以明确、特定、公开的标准为前提，而不能毫无节制。

例外限缩行政许可有效期的情形主要有两种。一是基于地方规制需要的行政许可有效期限缩。“中国是世界上少数历史传统悠久、国土疆域广袤、人口规模巨大、民族多元一体的国家之一，城乡之间、地区之间、民族之间发展不平衡”，基于这种国情的中央立法必然要兼容不同地方的差异性，这也就导致其无法完全体现地方性特征，无法完全满足地方治理的需要。对于同一项行政许可，在地方具体实施时就会面临不一样的处境，地方可分配行政许可资源的总量与竞争获得行政资源的潜在申请人数量都有所不同，这就导致对行政许可有效期的要求有所不同。故此，对于法律、行政法规设定的行政许可有效期，应当允许地方性法规进行限缩，以满足地方规制需要，此类立法在合法性审查中不宜认定为“抵触”。二是基于双方合意的有效期限缩。行政许可有效期的延长关涉多方利益，而行政许可有效期的限缩则主要影响被许可人的利益，因此在被许可人同意的前提下应当允许行政许可实施机关作出一定的限缩。在公报案例“江苏瑞达海洋食品有限公司诉盐城市大丰区人民政府等海域使用权行政许可纠纷案”中，法院表示该条“并不排除政府机关与海域使用权人对于使用权到期后是否续期以及续期方式通过明确约定的方式进行变更”，因此“涉案海域使用权出让合同‘到期不予续期’的约定为有效约定”。此约定虽指向行政许可延续，但背后的原理在行政许可有效期的限缩上同样适用。行政许可有效期的限缩有助于敦促被许可人可以更高效率开展行政许可所准予的生产经营活动，也有助于加快行政许可秩序的更新而营造更具有活力的竞争氛围，在行政许可相对人同意的前提下应当准予其限缩。

例外延长行政许可有效期的情形应当更加严格，仅限于应急行政的需要。紧急状态下的治理本是国家常态性治理的一个例外，既要坚持法治的基本原则与底线，也包含必要的例外决断空间。在应急状态下，不只是行政许可的延续可能面临挑战，相对人申请变更许可或者申请新的行政许可都可能存在阻碍，行政机关进行审查、决定也同样存在客观困难，难以在法定时限内完成对申请人是否符合法定条件、标准的核查，但此时社会秩序的维持仍仰赖行政许可秩序的有效运转。面对这种现实需要，实践中发展出了“延长有效期”的做法，如《国家铁路局关于疫情防控期间延长铁路专用设备行政许可有效期的通知》（国铁设备监函〔2020〕28号），要求相关“许可证有效期到期或将于6月底前到期需要延续的，可延期到疫情结束后办理”。对于应急状态下行政许可有效期的延长，应当在制度上留有空间，以保证应急状态下必要秩序的稳定运转与应急状态结束后正常生产生活秩序的及时恢复。