值得注意的是，重大误解一般由误解者承担举证义务，但考虑到行政机关与当事人之间存在举证能力的差异，可以适用《行政诉讼法》第38条规定：“在行政赔偿、补偿的案件中，原告应当对行政行为造成的损害提供证据。因被告的原因导致原告无法举证的，由被告承担举证责任。”

行政和解协议也会因不具有主体资格、违反行政协议目的、违反效力性强制性规定等事由而不生效力，这与一般的行政协议相同。需要特别说明的是两种特别的无效事由。

首先，人们对行政纠纷“私了”的担忧之一是行政机关有可能“花钱摆平”，用金钱补偿换取当事人对行政违法行为的容忍。这一问题的应对方案就是令这样的协议或约定不生效力，纠纷双方关于行政决定是否合法或是否应予撤销的定性是无效的。其原理可以从两个层面来说明，一是从民法上的原理来看，当事人利用和解来从事脱法行为的和解无效，比如意大利民法就有规定，“关于不法契约之和解，纵当事人因之治愈无效者，亦属无效”。二是从行政法的角度来看，如前所述，纠纷的依合意化解原则上仅限于主观权利纠纷，涉及行政行为合法性问题的纠纷事关客观法秩序，应根据法律规定客观地判断，双方没有合意处分的余地。在行政和解协议被广泛适用的法国，可以和解的纠纷限于主观权利纠纷，行政机关不得缔结以给予金钱补偿为内容以维持违法决定的和解协议，法国中央行政法院认为这种和解协议是无效的。在主观权利纠纷中，双方对争执中的权利义务拥有合意处分的空间，比如赔偿（补偿）金额的多少、行政处罚幅度的高低，相关法律规范所保护的更多地是相对人的主观权利。而关于造成赔偿（补偿）纠纷的行政行为本身是否违法、行政处罚决定本身是否应予撤销等问题，则属于客观诉讼的领地，没有依合意化解的空间。当然，不得和解的行政行为合法性问题，行政机关可以通过另行作出单方行政行为依法撤回、撤销或自行确认该行政行为违法，但这属于依法律的处分而非依合意的处分，适用行政行为的救济和审查规则。实务中一种常见的行政和解是，行政机关给付当事人补偿款，作为交换，当事人认可其行政行为是合法的，并就该行政行为造成的损害放弃行政赔偿请求权。比如，和解协议约定相对人认可行政机关的“执法过程属于依法拆迁”。在本文看来，这其中双方对行政行为合法性的和解约定是无效的，法院可以不受和解协议效力的影响，直接撤销或确认该行政行为违法，但双方就该行政行为引发的赔偿（补偿）事项达成的和解约定仍然有效。

其次，还需要特别说明的是和解协议中诉权处分条款的效力问题。尽管最高人民法院在绝大多数案件中均认为当事人放弃诉权的约定是有效的，但不乏地方法院认定约定无效的案例。对于该问题，一方面，和解协议通常都包含“不起诉合意”，因此即便协议没有专门约定放弃起诉，有效成立的和解协议仍能产生诉讼上的程序抗辩效果。另一方面，如前所述，如果当事人与行政机关在和解之时均未预见到迟发后果，那么和解协议效力仅拘束已预见部分的损害赔偿。当事人所作的放弃诉权承诺，也仅限于对已预见部分的损害不再提起行政赔偿诉讼，而对未预见的迟发后果并未放弃起诉。也就是说，放弃诉权的承诺只针对作为和解对象的原纠纷法律关系有效，概括地放弃诉权，如实务中常见的当事人放弃一切起诉、申诉、信访的权利等约定是无效或至少部分无效的。至于行政机关不履行和解协议约定的给付义务等，本非和解的对象，当然可以起诉。综合来看，诉权处分条款实际上很难指示究竟哪些事项不得起诉、哪些仍可起诉，这个问题归根结底是和解协议效力的拘束范围问题。与其纠结诉权处分条款的效力，不如将不起诉的承诺视为当事人让步的表现更为恰当，以此作为判断协议是否构成和解协议的标志。

综上，行政和解协议的双方可通过主张效力瑕疵来消灭协议效力，从而恢复原纠纷的可争执状态，达到反悔的效果。行政和解协议在效力瑕疵规则上存在一些特殊之处：首先，基于重大误解撤销协议的，误解的重大程度须足以推翻双方和解的基础；其次，针对行政行为是否合法或是否应予撤销的和解协议或约定无效；再次，概括地放弃诉讼权利或其他救济权利的约定无效。