以往研究行政组织法定化，都是在国家组织立法框架内展开的。所谓职权法定原则，其含义是指行政机关的创设来源于法律的规定，行政机关的权力来源于法律的授予。根据《中华人民共和国立法法》关于法律保留的规定，各级人民政府的产生、组织和职权，只能制定法律，授权立法的除外。职权法定指明了行政机关的职权是由宪法和组织法规定并授予的。职权法定的意思是由法律明确界定的职权，通过法定程序“授予”行政机关。因此，国务院及其部门的机构设置、权限配置应主要寄希望于《国务院组织法》作出具体明确的规定。同时，《国务院组织法》也可以授权国务院制定国务院组成部门、直属机构和国务院组成部门管理的国家行政机构的组织条例。此外，应当发挥单行立法中对组织规范、职权职责划分的作用，改变现有立法模糊处理、搁置权限争议的消极做法，让单行立法成为逐步明确行政组织权限的重要途径。有学者提出《国务院组织法》（修改代拟稿）主张将国务院机构设置和编制管理制度纳入组织法范畴。实现职能配置、内设机构和人员编制“三定”规定的法定化，则是行政组织法定化的具体体现和标志。而制定部门组织通则被认为是一个实现“三定”规定法定化的有效途径。2006年11月13日，国务院颁布《公安机关组织管理条例》，对公安机关的设置、公安机关的编制等作了规定，这是第一部规范政府职能部门组织管理的行政法规。其他部门的组织管理条例也在酝酿起草中。

但行政组织法的发展进程并没有朝着学者们的设想而行。行政组织的性质和特点决定了行政组织法的修改必须随着行政体制改革同步进行。早在2009年，就有学者总结了三十年政府机构改革的几点不足之处，其中之一就是机构改革和政治体制改革没有很好地结合起来，所以也就难以实现政府机构改革与党群机构改革的有机结合。新时代研究行政组织法定化，必须基于以下三个方面的前提和背景。

2019年《中共中央关于加强党的政治建设的意见》要求健全党中央集中统一领导重大工作的体制机制，完善地方党委、党组、党的工作机关实施党的领导的体制机制，将坚持党的全面领导的要求载入人大、政府等系统的组织法。2022年修订的《地方组织法》落实了上述要求，明确规定地方人大和地方人民政府坚持党的领导。2024年修订的《国务院组织法》第3条也明确规定，国务院坚持中国共产党的领导，坚决维护党中央权威和集中统一领导，坚决贯彻落实党中央决策部署。此外，该法第18条再次强调了国务院组成人员应当坚决维护党中央权威和集中统一领导。第19条还规定国务院组成部门、直属机构、办事机构应当确保党中央、国务院各项工作部署贯彻落实。贯彻落实党中央决策部署是各级各类行政机关的法定职责，对行政组织立法而言，将落实党的决策部署纳入行政机构的职责范围是实现党的领导法定化的重要内容，也是行政组织立法坚持党的全面领导的体现。

党的领导在组织法中入法和在其他法中入法的深度与密度有所不同。在行政管理法和行政救济法中，党的领导入法主要是作为政治原则予以明确，如《中华人民共和国安全生产法》第3条规定，安全生产工作坚持中国共产党的领导。《中华人民共和国行政复议法》第3条规定，行政复议工作坚持中国共产党的领导。而在组织法中党的领导不仅作为政治原则入法，而且还具体体现在组织活动中。如《北京市街道办事处条例》对街道办事处这一基层行政机构的地位作出了明确的规定，对履行职责提出了明确的要求，该条例第3条规定，街道办事处是区人民政府的派出机关，在本街道党的工作委员会领导下，执行党的路线方针政策，依法履行辖区综合管理职能。街道办事处在基层社会治理中是党委领导、政府负责、民主协商、社会协同、公众参与、法治保障、科技支撑的社会治理体系的重要组成部分。街道办事处应当坚持党建引领“街乡吹哨、部门报到”，在本街道党的工作委员会领导下，加强社区治理。通过组织立法提高党的领导入法的深度和密度，可以使党组织的行为于法有据，确保行政机关始终坚持在党的领导下依法实施经济社会管理活动，将党的路线方针政策转化为对经济社会管理的部署安排和工作活动，转化为领导体制、工作机制和管理方式方法创新，将党的全面领导融入行政组织法治化的实践中。

行政组织权既是党的领导权的体现，又是国家权力机关行使的宪法性权力。党的领导权在行政组织中具体体现为“党管编制”原则，中央和地方行政机构的设置、职能配置等，属于党中央设立的中央机构编制委员会和地方各级党委设立的编制委员会的职责。《国务院组织法》第11条规定，国务院组成部门的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人民代表大会决定。在中共中央、国务院发布《深化党和国家机构改革方案》后，十四届全国人大一次会议表决通过了关于国务院机构改革方案的决定，批准了这个方案，体现了党的领导权和国家权力机关决定权的统一。行政组织法律规范需要正确处理党的领导权与国家权力机关决定权的关系、贯彻党的路线方针政策与执行宪法和法律的关系。

《中华人民共和国全国人民代表大会组织法》规定，全国人民代表大会及其常务委员会坚持中国共产党的领导，依照宪法和法律规定行使职权。中国共产党的领导是中国特色社会主义最本质的特征，党是最高政治领导力量，对行政机关的组织领导是党的政治领导的重要体现。有关机构改革、编制管理等组织行为应当由党组织统一决策部署。同时，在坚持党管机构编制、党管干部的原则下，应当依据宪法和法律有关规定履行法定程序，这是宪法和组织法规定的国家权力机关的决定权。党的组织领导权和人大决定权需要通过宪法和行政组织法规定的程序规则得到有机统一。实现党对国家行政机关的政治领导，落实党管编制原则是行政组织立法的基本要求，也为新时代行政组织立法明确了政治方向。

长期以来，一些领域党政机构重叠、职责交叉、权责脱节的问题比较突出。2018年党的十九届三中全会审议通过的《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》提出要“统筹设置党政机构”。中共中央发布的《深化党和国家机构改革方案》决定，中央组织部统一管理中央机构编制委员会办公室，统筹负责党和国家机构职能编制工作；中央组织部统一管理公务员工作，将国家公务员局并入中央组织部；将国家新闻出版广电总局的新闻出版管理职责、电影管理职责划入中央宣传部；将国家宗教事务局并入中央统战部；将国务院侨务办公室并入中央统战部。对外仍保留原行政机关的牌子。将国家民族事务委员会归口中央统战部领导，仍作为国务院组成部门。笔者曾提出，党的机构同时又是行政机构，实质上是党的机构在行使行政权力。党的机构不仅需要根据党内法规进行管理，而且要根据国家法律法规进行管理。通过党内法规进行管理，那么党内法规必须成为法定化的依据。将国家新闻出版广电总局的电影管理职责划入中央宣传部后，国家电影局不再列入国务院序列，而由党的宣传部承担相关职责，但这不同于文化行政管理机构和宣传文化部门合署办公。在此前提下，要明确党委宣传部门、政府文化部门乃至其他政府部门之间的关系，使之在党委政府领导下实现大文化领域的有效领导和管理。根据职权法定原则，这些职责是由国务院制定的《电影管理条例》规定的，该条例规定国务院广播电影电视行政部门主管全国电影工作；县级以上地方人民政府管理电影的行政部门依照该条例的规定负责本行政区域内的电影管理工作。属于党的机构承担行政管理职能的部门在行使职权时同样需要根据法律、法规的规定，由此产生的纠纷和争议，也适用《行政复议法》和《行政诉讼法》相关规定。

以往行政部门间的协调配合，是在一级政府的基础上进行的，对各部门的协调本身属于人民政府的职权。在党政机构统筹设置的情况下，还存在着行政系统与党的部门之间的协调问题，如在大文化系统，有些部门属于党的部门，有些部门仍然是政府系统的，不同系统的部门间产生的权限冲突和争议，由于执行主体、执法依据等的不同，协调主体、协调方式也将产生变化。行政组织的范畴也应当发生调整，除了关注机构属性，还需要看事务属性，管理性、服务性的行政职能都是行政组织法调整的范围。