在机构编制立法中，《中国共产党机构编制条例》第一章总则关于指导思想和基本原则、第二章关于领导体制的规定同样可以在国家法律中规定，将党的领导法规转化为国家法律规范，以保持机构编制管理党内法规与国家法律规定的一致性。当然，《机构编制法》不是对党内编制法规的重复，而是主要规定立法目的和立法依据、指导思想和立法原则、领导管理体制、机构设置、领导职数、编制管理、程序、监督和责任等问题。机构编制党内法规在监督和责任上适用党的纪律，而机构编制国家立法则适用法律责任。

现行的《国务院行政机构设置和编制管理条例》在机构编制管理体系改革后，显然已经不再适应新的要求。中央机构编制委员会属于党中央的机构，负责国务院的机构设置和编制管理。这与《宪法》第89条关于国务院审定行政机构的编制规定如何衔接，是行政组织立法中的一个新课题。在机构编制领域，凡是涉及国务院和地方各级人民政府等行政机关系统的，党政机关联合发文是解决这一问题最经济、最便捷的方案。2022年，中共中央、国务院发布了新的《信访工作条例》，取代了国务院2005年发布的《信访条例》便是一个很好的例证。作为行政组织法定化宪法层面、基本法律层面之下的第三个层次，机构设置和编制管理的立法，可以由中共中央、国务院联合下发，成为机构编制管理的法定依据。有关机构编制管理的两个现行行政法规，在中央机构编制党内法规和《机构编制法》通过后应及时作出修改，以中共中央、国务院的名义发文。

党政统筹改革后，承担行政职能的党的机构，对外仍保留行政机关的牌子。这些机构尽管不再纳入行政系统，但仍具有行政主体资格，以行政主体身份对外进行管理和服务，应遵循职权法定原则，根据法律法规规定的权限行使权力。在国家立法规定的职责权限上，明确落实党的决策部署和完成党委交办的任务也是法定职责的范围；在党内法规规定上，则将遵守和执行国家法律法规规定为这些组织机构的基本义务。党政合署的机构，以党政联合制定法规的形式明确其权力责任可以成为这些机构组织立法的常态。

行政权由宪法和组织法规定，具体的管理权限由管理法规定。管理法规定职责权限一般不落实到具体哪个主管部门。由设立新的机构行使这一权力还是由政府组成部门或直属机构行使，则属于人民政府的决定权范围。在行政法治化程度日趋深化的情况下，有立法权的人民政府通过立法方式决定行政机构设置和职责权限划分，是行政法治发展的必然要求。

在国家立法层面，有学者认为将来逐一制定国务院组成部门的组织法既有必要性，也有可能性。2006年颁布的《公安机关组织管理条例》规定了公安机关的设置、公安机关人民警察职务、公安机关的编制和经费、公安机关人民警察管理、公安机关人民警察待遇等事项。1991年国务院批准颁布的《工商行政管理所条例》规定了工商所的设立、领导隶属关系、任务、职责等。《中华人民共和国审计法》第二章规定了审计机关和审计人员，第三章规定了审计机关职责，第四章规定了审计机关权限。《中华人民共和国统计法》专章规定了统计机构和统计人员。《中华人民共和国证券法》专章规定了证券监督管理机构的职责和权限。这些法带有一定的部门组织法性质或包含部门组织法的内容。行政组织法定化的基础在组织法律规范本身，但行政管理法在规定行政任务、行政职能和行政职权时，明确行使职权的主体资格是确保职权法定的重要保障，一些专业性比较强的行政管理领域，可以将机构设置和管理运行在一部法中规定。以税收征收管理为例，税务机关的设置、领导管理体制、职责权限以及管理方式等事项都可以由税务法律规范一并规定。

在立法已经按领域规定行政管理权的背景下，再由每个部门都通过制定部门组织法规定职责权限，可能会出现重复和浪费立法资源，也不利于机构改革和职能调整。可行的办法是制定部门组织通则，对政府各组成部门、直属机构的设置、职责权限、活动原则作出一般性规定。对开发区、特设机关、派出机关、综合执法机关、法定机构等通过单行立法规定，明确其机构性质、隶属关系、内部结构、职责权限范围。如2023年深圳市人大常委会通过了《深圳经济特区前海蛇口自由贸易试验片区条例》，规定自贸片区管理委员会为市人民政府的派出机构，履行该条例列举的六项职责和国务院、广东省人民政府、深圳市人民政府赋予的其他职责。经该市机构编制部门批准，管委会可以设立具有行政管理职能的工作部门，对外履行相关职责。管委会等法定机构，由于其具有相对独立性和特殊性，应当先立法后设立机构，所制定的立法作为行政组织特别法。

《中国共产党机构编制工作条例》第18条明确规定了“三定”的性质，经批准发布的各部门各单位“三定”规定、机构编制管理规定等，是机构编制法定化的重要形式。“三定”规定以中共中央文件形式发布，在性质上属于党内法规。在这个意义上，也“可以说编制就是法律”。行政组织法定化主要是指机构、职能、权限等的法定化，也就是“三定”规定的内容。我国行政机关部门的权限大部分由具体管理法作出规定，如《出版管理条例》第6条规定了出版行政部门的设置，第50条规定了出版行政部门履行的职责权限范围，第60条规定了出版行政部门或者其他有关部门的工作人员的法律责任。有些专业性比较强的领域，立法对部门职责规定得比较全面、具体，与“三定”规定无异。如《北京市文化市场综合行政执法办法》明确了文化市场综合执法部门行使的行政处罚权权限范围，并规定了相应的责任。当然，这个职权范围也不是一成不变的，文化市场综合执法部门职权范围的确定和调整，由市人民政府根据文化市场管理的需要，按照精简、统一、效能和权责一致的原则决定。

因此，不管是立法还是“三定”规定，法定职权的概念只是相对的。即使制定了部门组织法规，规定了部门的职权，也无法代替“三定”规定。职权法定也不是指职能部门的职能完全由法律法规明确列举，《地方组织法》关于地方各级人民政府职责的规定，即设置了“办理上级国家行政机关交办的其他事项”这一兜底规定。立法应当赋予行政机关宽泛的法律授权，允许其在机构设置和职责划分上具有较多的自主空间。从应然的角度出发，所谓“三定”规定和权力清单，是对有关管理法律法规中的主管部门、职责权限和法律责任的概括归纳。权力清单制度只是对行政机关已有权力的重申与复写。但从实然的角度看，权力清单不仅源于法律、法规、规章的规定，也来自行政规范性文件的规定。“三定”规定有关部门职责的最后一项规定，同样是完成本级党委、政府交办的其他任务。上级交办的事项也是“三定”规定的组成部分，“三定”规定是在做动态调整的。变动性的特点决定了立法固化的难度。特别是在深化机构改革和职能调整的过程中，《国务院组织法》的修改也没有恢复1954年《国务院组织法》对国务院组成部门的列举。比较可行的做法是，相对比较稳定的部门，可以制定单行组织法规，将“三定”规定转化为中共中央、国务院联合制定的法规。其他尚处在行政体制改革过程中的机构，机构编制法规化可能在一定程度上影响行政体制改革的灵活性，因为此时任何关于机构设置和职能调整的改革都需要经过立法程序，这会加剧改革的复杂性和难度。关键任务在于增强“三定”规定的约束力和执行力。

在未来《机构编制法》出台后，首先需要及时制定和完善相应的配套法规。如为了规范部门（单位）职能配置、内设机构和人员编制规定的制定和实施，提高科学性、规范性和实效性，根据《中国共产党机构编制工作条例》，中共中央办公厅于2020年发布了《“三定”规定制定和实施办法》。其次，应在政府职能部门全面推行政府部门权责清单制度，实现权责清单同“三定”规定的有机衔接，规范和约束履职行为，在权责清单的编制过程中，既应梳理职能部门权力事项和职能部门的责任事项，又应确保权力事项与责任事项衔接统一。最后，落实法律责任机制，实现权责一致。为了强化刚性约束，严肃查处违纪违法行为，严格追究失职失察责任，2020年中共中央办公厅发布了《机构编制监督检查工作办法》，2022年中央机构编制委员会印发了《机构编制违规违纪违法行为处理和问责规则（试行）》。这些都是机构编制法规体系的重要组成部分。