在解决磋商协议的公法性质抑或是私法性质之后，接下来要讨论和追问的是：磋商协议是民事和解协议还是民事调解协议？相对于前一个问题而言，这个问题并未在学界引起足够的重视，然而这个问题与磋商协议的可司法确认性是密切相关的。

和解协议与调解协议最直观的分野在于是否存在居中的第三方参与，且第三方的角色不同于“公众参与”的“参与者”，还需具体考察第三方对合意达成的作用力大小以及是否提出实质性建议。如果调解组织作为第三方具有独立地位，并且组织、主持磋商协议，那么由此达成的协议就应当认定为调解协议。如果第三方不是磋商会议的组织者、主持者，而只是一般的程序参与者，那么其就是普通的公众参与中的一员，由此达成的协议就不应当认定为调解协议。例如，《黑龙江省生态环境损害赔偿工作规定》 第22条第3款规定调解组织可以作为受邀参与磋商人参与生态环境损害的索赔磋商。《广东省生态环境损害赔偿工作办法（试行）》第17条第2款规定：“赔偿权利人或案件调查部门组织磋商，可以邀请生态环境损害鉴定或者评估机构、人民调解组织或有关专家、律师等有关单位和人员参加。”根据以上两省规范性文件，调解组织虽然参与了磋商活动，但其身份只是普通的磋商程序参与者，而非磋商会议的组织者或者主持者，那么在此情景下达成的磋商协议就不能认定为调解协议。

就磋商协议是和解协议还是调解协议这个问题而言，目前学界形成了和解协议说、特殊和解协议说和拟制的调解协议说三种不同的观点。

1.和解协议说

有学者认为，根据《管理规定》第23条规定，磋商协议的主体仅限于赔偿权利人和义务人，排除了第三方的参与；即使在实践中存在第三方主体的引入，其角色定位和功能也不够明晰，故磋商行为中的第三方并非民事调解协议中的调解组织。因此，磋商协议应当定性为和解协议。

2.特殊和解协议说

有学者从政策文件出发，认为《改革方案》确立了“主动磋商，司法保障”的工作原则，其中“主动磋商”包含了“直接”和“主导”这两个特质。赔偿权利人可以直接与赔偿义务人进行磋商，无需第三方居间调解，故磋商协议不是民事调解协议。同时，磋商协议涉及生态环境的修复，应当受到公共利益的限制，故亦不同于普通的民事和解协议，而是兼具公私法双重属性的和解协议。类似观点认为，磋商协议兼具公私法双重属性，但其私法色彩更为突出，故应当属于特殊的和解协议。

3.拟制的调解协议说

有学者从《改革方案》与《民事诉讼法》司法确认规定相衔接的角度提出拟制的调解协议学说。拟制调解协议说认为磋商协议是兼具公法色彩的特殊的民事协议，其特殊性主要表现在两个方面：一是参与磋商的一方主体乃是公权力的享有者，二是程序救济上的规范拟制。我国现行法律规定只有民事调解协议才可以适用司法确认程序并且赋予其强制执行力，对于民事和解协议则不适用该规则。因此，可以将本为和解协议的磋商协议拟制为调解协议，从而可以简单、快捷地实现其拘束力的可强制执行性。

4.本文见解：和解协议、调解协议二元说

笔者已经在前文详细论述了《改革方案》相关规定不是拟制性规定的理由，因此，拟制的调解协议说不能成立。对于和解协议说和特殊和解协议说而言，笔者认为，这两种学说仅仅或者主要依据《改革方案》和《管理规定》的相关规定，是对这些规定的片面解读。事实上，《改革方案》和《管理规定》没有规定调解组织在磋商中的作用，但是也没有禁止调解在磋商过程中的适用。若要准确地甄别磋商协议的和解或者调解性质，就不能囿于《改革方案》和《管理规定》的“本本主义”，就要求我们必须深入到生态环境损害赔偿磋商的地方性规定和具体实践中去。循着这种思路，我们就会发现实践中磋商协议性质的二元性：有的磋商协议呈现出和解协议性质，有的在性质上则属于调解协议。

通过对生态环境损害赔偿地方性规定的解读，笔者发现贵州、云南、湖南、沈阳、衡阳等省市的生态环境损害赔偿规范性文件明确将调解和调解组织纳入到磋商程序之中。例如，《贵州省生态环境损害赔偿磋商办法（试行）》就将调解组织界定为生态环境损害赔偿磋商的主体，并且规定“经司法行政主管部门批准的生态环境保护人民调解委员会及熟悉生态环境保护工作的相关社会组织可以作为调解组织”。地方规范性文件关于磋商的调解规定大致有两种模式：一是自愿性的“可以调解”模式，例如《湖南省生态环境损害赔偿磋商管理办法》明确规定磋商可以在人民调解委员会的主持下进行，云南省和湖南衡阳市也有类似规定。二是对于有争议案件的“应当调解”模式，例如贵州省地方规范性文件规定，（如果）对生态环境损害事实、调查结论和损害鉴定等有争议的，赔偿权利人和赔偿义务人应当委托组织调解的第三方召开磋商会议。沈阳市的规范性文件也有强制性调解的类似规定。

笔者通过深入调研观察发现：生态环境损害赔偿磋商的调解制度不仅在一些地方规范性文件有明确规定，而且已经嵌入到生态环境损害赔偿磋商实践之中，成为一项有生命力的、“活”的制度。早在全国首例生态环境损害赔偿协议司法确认案（息烽大鹰田案）便引入第三方律师协会居中调解，由此为磋商协议适用司法确认作出创新示范。在该司法确认案中，贵州省人民政府与息烽诚诚劳务有限公司等在贵州省律师协会的主持之下达成赔偿协议，并向清镇市人民法院申请司法确认。清镇市人民法院将该赔偿协议定性为调解协议，并裁定“经贵州省律师协会主持调解达成的调解协议有效。”“息烽大鹰田案”对于我国磋商协议司法确认规则的建立和完善有重要的示范和引领作用。在“内蒙古霍林河露天煤业股份有限公司生态环境损害赔偿案”中，赔偿权利人和义务人在通辽市环境污染纠纷人民调解委员会主持调解之下达成磋商协议，2020年2月该协议被通辽市中级人民法院裁定有效。除此之外，笔者统计了生态环境部发布的三批“生态环境损害赔偿十大典型案例”，发现包括“息烽大鹰田案”在内共有4个案件是通过调解方式达成协议的（详见下表1）。典型的例子还有，在“上海奉贤区张某等5人非法倾倒垃圾生态环境损害赔偿案”中，原奉贤区环保局与赔偿义务人共同委托奉贤区四团镇人民调解委员会组织召开了磋商会议。

综上所述，在我国生态环境损害赔偿磋商实践中，磋商协议在法律性质上存在着和解协议与调解协议二元并存的现象。这样就导致一部分磋商协议（调解协议）具备可司法确认性，而另一部分磋商协议（和解协议）则不具有可司法确认性。如果我们要激活磋商协议司法确认制度，真正让该制度发挥其应有的功效，就必须要提高磋商协议司法确认适用的比率。其根本策略是采用区别适用、二元分流的对策，将《改革方案》“可以”申请司法确认的规定变更为“可以”申请司法确认和“应当”申请司法确认两种不同情形，即对于涉及重大国家利益、社会公共利益或者赔偿金额巨大的重大、复杂案件应当强制要求赔偿权利人和义务人申请司法确认。

为此，在比较法上可以借鉴与我国磋商协议司法确认制度相类似的美国《超级基金法》关于consent decree（合意判决,或译为司法同意令）的规定。《超级基金法》规定了一系列诉讼形式：政府或者私人提起的费用追偿诉讼（cost recovery actions）、潜在责任人（potentially responsible parties, PRPs）之间的分摊诉讼（contribution actions）、联邦政府等受托人提起的自然资源损害赔偿诉讼（actions to recover damages to natural resources）。然而，《超级基金法》的立法倾向是通过和解（settlements）而不是诉讼解决相关责任问题。为了达到加速有效的环境修复和减少诉讼之目的，该法专门在第122条规定了和解制度。《超级基金法》第122条（a）款授权总统（具体由联邦环保局代表总统）基于裁量权可以与任何潜在责任人达成和解协议，而且总统作出的是否使用和解程序的决定不受司法审查。为了降低交易成本、促进和解，《超级基金法》还规定了一系列激励性工具：微量和解（De minimis settlements）、混合基金协议（mixed-funding agreement）、约定不起诉（covenants not to sue）、合意判决（consent decree）等。其中，合意判决本质上是经由法院审查和批准的和解协议，并由此而赋予和解协议强制执行力。《超级基金法》第122条（d）款（1）项（A）目规定，除了第122条（g）款规定的微量和解以外，一旦总统与任何潜在责任方达成关于修复行动（remedial action）的和解协议,该协议都应当作为合意判决在联邦地区法院登录。合意判决一旦作出，和解协议就成为具有法律拘束力的法院命令。该条（g）款则是例外，对于联邦环保局与仅承担极微小责任的潜在责任方达成的微量和解来说，合意判决不是必经程序。微量和解协议也可以通过联邦环保局局长签署的行政命令（administrative order）而被赋予强制执行力，该行政命令也被称为合意命令（consent order）。由此可见，《超级基金法》确立了和解协议应当由法院司法审查的原则（即当事人向法院申请合意判决），同时以微量和解作为该原则的例外。