我国磋商协议司法确认制度与美国《超级基金法》上的合意判决制度有异曲同工之妙。然而，在制度功能上目前尚有一定的差异。磋商协议司法确认制度在应然层面具有双重功能：一是通过司法确认赋予该协议强制执行力；二是通过司法审查对磋商协议的合法性进行司法监督，以保护国家利益和社会公共利益。我国的制度设计和学术研究均比较重视该制度的第一项功能，而对于该制度的司法监督功能则较为忽视。笔者认为，在制度设计上可以借鉴美国《超级基金法》合意判决制度，对我国司法确认制度的司法监督功能予以补强。从磋商协议司法确认制度的双重功能特别是司法监督功能出发，就应当提高司法确认的适用比率，采用自愿申请和强制申请的二元模式，对于重大、复杂的磋商协议案件应当强制双方共同申请司法确认。为了与磋商协议司法确认相对接，那么在强制司法确认的情形之下，就需要让调解组织介入并且主持磋商会议，由此使磋商协议成为符合《民事诉讼法》规定的调解协议。但是，我国现行调解制度尚不能完全满足磋商协议的调解需求，为此就需要对我国既有的调解制度和司法确认制度进行适度调适和完善。

基于强制与自愿相结合的磋商协议司法确认制度的构想，必然就会增加生态环境损害赔偿调解工作的需求。为此，可以从如下三条路径出发对我国现行制度进行相应调适和完善，从而加强与《民事诉讼法》司法确认制度的对接，保障申请司法确认的磋商协议符合2023年修正的《民事诉讼法》第205条之规定。

既然磋商协议因未有“依法设立的调解组织”参与而无法达至司法确认制度的适用要求，那么最直接的方法便是就地取材，将既有成熟的人民调解组织嵌入磋商主体中。该方法已在不少地方得到实践，我国部分地区在其改革文件中增加了依法设立的调解组织参与磋商活动的规定，试图将第三方调解嵌入生态环境损害赔偿磋商机制中，从而应对因缺少调解组织参与而导致磋商协议不具备调解协议属性的难题。例如，广东省规定可以在生态环境损害赔偿磋商程序中邀请人民调解组织参与，湖南省则规定司法行政机关指导人民调解委员会开展磋商工作。可见，我国部分地区已出台相关的政策文件对磋商缺少调解组织的问题予以回应，并通过赋予人民调解组织磋商主体身份的方式，让磋商协议顺理成章地成为调解协议从而获得可司法确认性。相关案例也印证了将人民调解组织嵌入磋商主体具有实践上的可行性，例如前文提及的“上海奉贤区张某等5人非法倾倒垃圾案”，便是在“奉贤区四团镇人民调解委员会”的调解之下达成磋商协议的。因此，在实践中通过引入人民调解组织参与磋商从而将磋商协议认定为调解协议已成为个案中较为常见的做法，从其出现在生态环境部发布的官方典型案例可以看出此方法已得到了国家生态环境主管部门的认可。

将现有的人民调解组织嵌入磋商主体的方式具有较强的可操作性以及较低的制度调适成本，但其局限性也显而易见。我国现有的人民调解组织调解的多为婚姻家庭、继承纠纷、相邻关系纠纷，以及简单的民事合同、侵权责任纠纷。在此类简单的民事纠纷调解活动中，调解员只要具备一定的文化水平，基本能够按照法律、政策和一般道德规范平息纠纷，往往不需要其具有过高的知识能力和专业水平。而生态环境损害赔偿案件具有高度的专业性、技术性等特点，尤其是在磋商的过程中，赔偿权利人与赔偿义务人商议的内容往往涉及科学技术层面的生态环境问题，因此这就要求参与磋商的调解人员需具备一定的生态环境保护相关领域的专业能力，否则其难以融入商议的具体事项中，更遑论在磋商中起到促成双方达成合意的作用，最终导致磋商不专业、不充分而流于形式。

为了弥补一般性的人民调解委员会的专业局限性，可以设立专门的生态环境领域的人民调解委员会。司法部《关于进一步加强行业性专业性人民调解工作的意见》（司发通〔2014〕109号）指出“要重点加强医疗卫生……环境保护等行业性、专业性人民调解组织建设”，以创新、发展新时期人民调解工作。在实践中有的地方创设了“生态环境纠纷人民调解委员会”“生态环境保护人民调解委员会”“环境保护纠纷人民调解委员会”“环境污染纠纷人民调解委员会”等专业性人民调解委员会处理生态环境纠纷，其中具有代表性的是贵州省。2017年《贵州省生态环境损害赔偿磋商办法（试行）》第9条规定磋商调解组织包括生态环境保护人民调解委员会，此规定为其他地方创设专门的生态环境纠纷调解组织起到了示范作用，例如2018年2月广东省环境保护纠纷人民调解委员会正式成立，此类生态环境领域的专业性人民调解委员会已在生态环境损害赔偿案件的磋商中发挥了关键作用。因此将设置于人民调解委员会下的专门处理生态环境纠纷案件的调解组织嵌入磋商主体中，不失为一条合适的解决路径。

如前文所述，《改革方案》司法确认规定在性质上属于准用性规定或者参照适用规定，磋商协议的司法确认无需严格按照《民事诉讼法》的规定加以实施。换言之，可以从解释论的视角对“依法设立的调解组织”进行重新定义，通过扩大解释拓展“依法设立的调解组织”的范围。

从法律规范的历史演进而言，扩大解释符合立法修法之精神。结合2012年《民事诉讼法》第194条以及2010年《人民调解法》第33条的规定，只有经人民调解委员会调解达成的调解协议才能申请司法确认。2021年《民事诉讼法》对其进行了修正，第201条将调解主体修改为了“依法设立的调解组织”。上述立法演进直观地揭示出可申请司法确认的调解协议从经由“人民调解委员会”调解转变为“依法设立的调解组织”调解。那么法律规定的“人民调解委员会”与“依法设立的调解组织”又是何指呢？根据《人民调解法》第7条和第8条，所谓人民调解委员会是指村民委员会、居民委员会、企业事业单位依法设立的调解民间纠纷的群众性组织。至于“依法设立的调解组织”则并没有专门的法律法规对其进行定义，只有2020年最高人民法院发布的《民事诉讼程序繁简分流改革试点问答口径（二）》（法〔2020〕272号）这一规范性文件对其进行了明确。从二者的概念释义不难看出人民调解委员会只能由村民委员会、居民委员会、企业事业单位设置，而依法设立的调解组织则并无此要求，只要是符合相关实体和程序的规定、并依法登记备案的调解组织都属于依法设立的调解组织，其范围和外延大于人民调解委员会。通过对立法条文演进的考察，我们可以看出修改后的《民事诉讼法》扩大了司法确认程序的适用范围，对“依法设立的调解组织”进行扩大解释也符合修法精神。

在我国纠纷解决机制中，除了人民调解委员会以及依法设立的调解组织外，还有律师协会、环保组织等社会组织也具有解决社会纠纷的调解功能，将上述主体纳入“依法设立的调解组织”中，可以促进其更好地承担为社会调解纠纷的责任。换言之，“依法设立的调解组织” 既包括专门性的调解组织，例如人民调解委员会；也包括不具有专门性调解组织性质但依法设立并具有调解职能的行政机关和组织（例如律师协会）。

上文阐述的前两条路径涉及的是如何利用既有的人民调解委员会或者“依法设立的调解组织”参与生态环境损害赔偿磋商，而第三条路径所构想的则是创设一个专门的、综合性的生态环境纠纷解决委员会。该委员会不仅可以参与生态环境损害赔偿磋商程序，也可以参与其他生态环境纠纷的解决。同时，该委员会应当被赋予包括但不限于调解的综合性的纠纷解决权力。

关于生态环境纠纷解决委员会，可以借鉴日本的公害纠纷行政处理制度。1970年通过的日本《公害纠纷处理法》建立了“（国家）公害等调整委员会——（都道府县）公害审查会”的行政处理制度，以专门用于迅速处理因公害产生的纠纷。公害等调整委员会负责处理重大事件、广域处理事件、县际事件的环境纠纷，而地方的公害审查会则处理上述三类公害范围外的其他公害纷争。公害等调整委员会与公害审查会可以通过斡旋、调解、仲裁、裁定等多种方式解决环境纠纷。在人员构成方面，公害等调整委员会的委员长和委员都是具有高尚品格、高水平学识的贤达人士，并经过总理内阁大臣任命、国会认可而产生，可以独立行使职权，以保证委员会的独立性和中立性。日本的公害等调整委员会与公害审查会在其国内公害纠纷的处理上发挥了关键作用。