某种意义上，行政协议内在的机制原理与辅助原则、自我规制理念一致，行政机关作为合同的一方当事人，拥有一种备用而又不常用的次级或辅助性权力，通过协议进行合意立法在总体目标、组织事项、权利配置、行为程序、责任救济等方面，对相对人给予规则指引，促成相对人通过内部管理，在不抵触外部协议框架的规定下运用自身的组织和结构优势完成公共服务（行政）任务。因此，行政协议实际上拉长了传统行政行为的实现过程，类似一种多阶段行为，应将其视为一个总体，仍可被纳入以完成公共任务为目的的行政行为中。

基于行政协议合意性效力特征，传统观点认为其突破了合法性审查框架。但这种主张混淆了民事合同与行政协议合约性审查的区别，“合约性审查在行政诉讼中，应当作为合法性审查的特殊形式而存在”。合法性审查是行政诉讼的基础，但合法性判断并不局限于传统法律保留等范围及思维方式上，如是否以符合法律约定的方式做出行政行为同样是一个合法性问题。换言之，行政机关的“违约行为”也是行政权滥用的一种表现。作为一种特殊审查，其表现如下：

其一，合约性审查主要以《民法典》及相应的民事法律规则为依据，在审判准据法的适用上，会涉及私法与公法规范的选择问题。但从新行政法律关系视角看，作为“第一性的私法”与“作为第二性的公法”不存在本质冲突，两者是一种互补关系，可按照规避公法规范冲突，有利于保护公共利益及个人权益保障的标准结合适用，而不会出现合约性审查与合法性审查的断裂。

其二，在审查的深度上，合约性审查亦是对行政机关权力的合法、合理性进行审理，因此审查范围不局限于当事人的履约等请求，这是全面司法管辖原则的体现。例如，在“黎某宏诉韶关市人民政府、韶关市国土资源局行政补偿纠纷案”中，基于合同的相对性原则，韶关市国土局并非行政协议的主体，应该不能参与案件审理，但韶关市国土局就当事人补充协议的履行做出过《答复意见》，二审法院对此《答复意见》主动进行审查，并判决撤销，法院履行了全面审查义务。

其三，在审查逻辑上，行政协议的合约性审查也应进行公益衡量，如有学者提出“功能主义”审查进路，以合法性审查为底色、导入利益衡量原则，从而确立区别于民事合同的多重利益（国家、集体、第三人、当事人）平衡的公法审查路径。在行政协议效力的判定上，利益衡量原则亦发挥着重要作用，例如未给当事人造成实际损害的程序轻微瑕疵不影响行政协议的效力。

这种特殊的合约性审查，与之配合的一个重要措施是，丰富行政协议诉讼的判决类型。《行政协议司法解释》第9条确立了6种具体诉讼判决和一个兜底条款，未来需要进一步向三个方向完善：

第一，有序扩展给付判决的适用范围。判决继续履行行政协议是行政法上的第一性权利，继续履行既可以是“依约履行”，也可以是“依法履行”，具体需结合原告的实质诉求。法官对违约行为的审查不局限于诉求范围内，根据利益衡量原则，在查明事实的基础上法官可直接做出履行判决。

第二，适当拓宽变更判决的空间。传统行政诉讼法的变更判决适应范围仅限于行政处罚金额计算错误，对行政协议的审查较多时候会涉及合理性变更这类裁量权问题，若采取撤销判决容易引发程序上的烦琐与重复。在房屋征收补偿以及支付抚恤金、保险金等协议纠纷中，在查清事实的基础上，法官可直接采取变更判决，及时化解社会矛盾。

第三，完善撤销判决及无效判决的转换制度。《行政协议司法解释》第14条和第16条分别确立了可撤销的两种情形——私法路径（重大误解）与公法路径（行政优益权），但是两者之间可能存在功能交叉，导致要件悬置、逻辑混乱之弊端，需以“公共利益衡量标准”对两条路径进行整体式改造，减少两者之间的抵牾、实现融合互补。行政协议中存在公共与私人利益的交织，当原告选择的判决类型有损公共利益，但又不得不为侵犯公民权利的行政行为提供救济时，诉讼判决类型转换成为必要，因此判决类型的转换可不以当事人诉讼请求为前提，但在转换时需注意向原告释明，主动查明损害赔偿责任等问题。

基于行政协议合意性效力特征，传统观点认为行政相对人不履行协议时，行政机关只能提起反诉，而目前的单向诉讼模式会造成同一行政协议纠纷出现两个不同的解决途径或救济程序的局面，引发程序烦琐问题。实际上，这种主张过度强调了一体解决行政协议纠纷的成本优势，而未察觉到行政机关违约和相对人违约的本质差异。行政机关违约属于行政机关不履行职权行为，相对人对此不服是典型的行政救济问题，应按照行政诉讼的监督逻辑进行处理；相对人违约的实质是相对人不履行行政行为，是行政执法关系范畴，解决相对人不履行行政协议的问题既是行政机关履行行政职能的体现，也是快速解决社会矛盾、稳定社会秩序的需要，绕道司法机关居中裁判而后执行，未必能真正节约社会整体成本。

两种违约行为处理路径差异，是由我国国家权力的横向配置结构所决定。司法机关对行政职权的审查应遵守其固有边界，对行政机关裁量范围内的职权事项介入广度和深度都有限。如普通法系行政行为的成熟性与终局性往往是司法审查的前提条件，若行政机关有意采取下一步行动，受此行政行为影响的当事人，通常“无权要求司法机关对预期的或存在威胁的损害提供救济”，这既是发挥行政机关专业与效率优势，又是保障行政机关作为“行使特定职能的功能自治的实体”需要，还能为行政机关提供自我纠错的机会，减少当事人绕过行政程序提起诉讼的高昂成本。因此，同一行政协议纠纷中可能存在两种性质不同的行政行为，属于权力机关之间的分工配合问题（行政救济+行政执法），前一法律纠纷可依赖行政诉讼途径解决，后一法律行为未必会发生纠纷（正常的行政执法行为），即便产生纠纷也未必需要依靠行政诉讼途径予以解决。事实上，有学者从行政协议功能区分角度对这种逻辑进行了论述，即在隶属契约中，相对人不履行契约意味着其放弃合意之方式，行政机关可立即切换到传统“命令—服从”的具体行政行为模式，以便快速实现行政目的。

在规范层面，《行政协议司法解释》第24条确立了“要求其履行协议的决定”和“监督协议履行的处理决定”两类执行依据，是在肯定相对人违约属于执法关系领域的基础上，根据行政机关是否具有相应的执法权限而做出的进一步划分，不享有职权的或不具有强制执行权的依据《行政诉讼法》第97条进行非诉强制执行即可。过度强调与民事诉讼类似的对等性和执行的被动性，实质忽视了作为一种概括性与整体性的行政权，在社会治理中的积极性、形成性与强制性等功能。当然，这里面会涉及或延伸到一个深层次的理论问题，即非诉强制执行的依据是否只能是行政决定而非行政协议，在此基础上相对人一旦违约是否就需要做出一个可供非诉强制执行的决定？显然，《行政协议司法解释》第24条并未完全承认这种观点，其采取的表述是“协议内容具有可执行性的，行政机关可以向人民法院申请强制执行”，这意味着司法实务界将执行依据标准放宽至行政行为而非行政决定，除非其不具有可执行性。至于“单向诉讼+非诉执行”是否能解决当前实践问题，是一个更具挑战性的实务问题，需要以司法解释适用后大量的案例实践数据作为样本考察，进行进一步的调研分析与深入研究，不能仅仅停留在理论设想层面。

虽然行政协议案件在审理上参照适用民法合同的规定，但基于行政协议制度及诉讼模式的客观价值取向，民法合同规则需要和公法的规则、原则乃至精神相融合，形成以公共行政为面向、行政法为底色的公法合同规则体系。例如，从行政协议的范围界定看，依据公共行政的秩序行政、给付行政、风险行政及合作行政类型划分，可形成四种不同公共行政功能类型的协议，如隶属契约、特许契约、风险规制协议、公私合作协议等。行政法的扩展与发展是其产生与演变的内在动力，反之也助推行政法总论自身的变革。