首先，在裁判思路上，“判决驳回诉讼请求”方案事实上形成了程序性事项向实体性事项的遁入，存在对获得实体裁判权的不当肯定。

“在申请期限内提出行政复议申请”，在行政复议中是行政复议适法提出的要件，属于程序性事项；而在行政诉讼中其又是诉请撤销复议决定之理由具备性的要件，属于实体性事项。“判决驳回诉讼请求”方案中，人民法院认可被诉行政复议决定符合法定起诉条件，应当获得实体裁判权，而后将是否在申请期限内提出行政复议申请作为实体性事项进行审查，评价诉请撤销复议决定的理由是否具备。

针对“谦益村合作联社案”中原告是否必然获得实体裁判权，“判决驳回诉讼请求”方案的答案是肯定的，人民法院对被诉复议决定之起诉期限的审查及肯认便是明证。那么，人民法院是否可以不拘泥于请求的内容，审查诉请撤销复议决定的“真实目的”？笔者认为，在行政诉讼法框架下应当是可以的。“我国实行的是人民法院职权查证规则与当事人主义查证规则相结合的证据提供和调取规则。”“在审判实践中，有的当事人趋利避害，仅提供对自己有利的证据……在特殊情况下可能会给国家利益、公共利益和他人合法权益带来不利影响。”当然，职权查证不得违反处分原则，不是对诉讼请求范围以外的事项作出裁判，而是不拘泥于请求的文本，“致力于对诉讼请求以及事实说明的解释和补充”。

在诉请撤销复议决定的情况下，人民法院在审查起诉是否符合法定起诉期限之外，可以基于维护法律秩序安定的考量，依据《行政诉讼法》第39、40条的规定，要求当事人提供或者补充证据，向有关行政机关以及其他组织、公民调取证据，审查起诉的“真实目的”是否是为了规避原行政行为的起诉期限，综合判断是否具有请求作出实体判决的期限利益，从而认定能否获得实体裁判权。这种双重审查的思路在理论与实践中早已有之。以诉请确认行政行为无效为例，即便立法上并无起诉期限的规定（也有观点认为不受起诉期限的限制），“但任何权利均有失权的问题，基于诚信原则所衍生之‘禁止权利滥用’之法理，应认为有适当期限之限制为妥”。在“郭家新等诉淄博市博山区政府解除聘任关系案”中，最高人民法院认为，“请求确认行政行为无效，仍须于适当期间内提起，如果时过境迁又重提旧事，则难以维持法律秩序的安定”。

其次，在裁判方式上，对“超期申请行政复议”进行实体审理，作出驳回诉讼请求判决的裁判方式，增加了法院的负担，同时在一定程度上助长了这种非理性的“超期申请行政复议”现象。

就驳回诉讼请求判决本身而言，“判决驳回诉讼请求”方案在不审查是否具有请求作出实体判决的期限利益的情况下，即认可原告获得实体裁判权，忽略了学理上诉讼要件的过滤功能。大量本应程序性驳回的案件进入实体审理阶段，增加了法院的负担，造成了有限司法资源的浪费。实践中，“判决驳回诉讼请求”方案是司法实践中的普遍立场，根据初步统计，其在既有司法应对方案中占到83.2%。就驳回诉讼请求判决带来的社会影响而言，“判决驳回诉讼请求”方案在一定程度上助长了这种非理性的“超期申请行政复议”现象，甚至造成起诉权滥用的后果。然而，受不得超越诉请撤销复议决定之诉讼请求的限制，“判决驳回诉讼请求”方案无法触及行政争议的实体性内容。例如，在“高文香、薛殿岭等诉天津市人民政府行政复议案”中，最高人民法院认为，“关于再审申请人主张拆迁许可未听取利害关系人意见的问题，系对拆迁许可行为合法性进行实体审查的内容，而本案针对拆迁许可的行政复议申请已超过法定期限，自无从启动实体审查程序”。但仍有当事人基于行政机关首长出庭应诉制度的影响，将行政诉讼视为寻求对话的平台而非解决行政争议的平台，司法审查有偏离其本身定位的风险。

最高人民法院运用解释论的方法为“超期申请行政复议”提供了两套参考性裁判规则，但都不是最佳的应对方案。在解释论受阻的情况下，“超期申请行政复议”亟需立法论的体系化回应。“法律的未完成性不是什么缺陷，相反，它是先天的和必然的。”通过行政诉讼程序的三阶段改良和权利保护必要性审查机制的建构，在诉讼内部可以实现“超期申请行政复议”一般性应对方案的优化。其中，前者侧重裁判过程，强调诉讼程序的直观公正性；后者侧重裁判结果及理由，强调裁判结果的可接受性。

行政诉讼程序从两阶段向三阶段改良的主要内容有：（1）将既有立案与受理阶段、开庭审理阶段的两阶段诉讼构造修正为立案与受理阶段、程序审理阶段、实体审理阶段的三阶段诉讼构造，其中，程序审理阶段与实体审理阶段按照单层阶段结构共处于既有的开庭审理阶段之中。（2）将受案范围、起诉期限等属于学理上诉讼要件（也称“诉的合法性要件”）之内容从既有的起诉条件中抽离出来，置于程序审理阶段进行实质审查。（3）人民法院于开庭审理时（即程序审理阶段）率先对诉讼要件的内容在两造对抗辩论的基础上进行适法性实质审查。行政诉讼程序如此优化设计，主要基于以下三个方面的考虑：

第一，行政诉讼程序应当与起诉行为的阶段性评价相适应。诉讼行为是诉讼参与人以开始、继续以及结束诉讼程序为目的的行为。诉讼行为以能否直接发生诉讼法律效果为标准，可分为直效行为和起因行为两种类型，其中，起因行为是指“向法院提出诉讼请求，并为此请求提供相应的诉讼资料和证据的行为”，能否发生诉讼法律效果需要人民法院对其进行合法性与有效性的审查评价。起诉行为属于典型的起因行为，人民法院需要分阶段、分层次评价起诉是否成立、起诉是否合法、起诉是否有理由。与之相应，行政诉讼程序应当将既有立案与受理阶段、开庭审理阶段的两阶段诉讼构造修正为立案与受理阶段、程序审理阶段、实体审理阶段的三阶段诉讼构造。

第二，行政诉讼程序的优化应当确保起诉行为的阶段性评价与审查对象的具体指向相适应。现行法确定的立案与受理阶段、开庭审理阶段之两阶段诉讼构造，在一定程度上使得起诉行为的阶段性评价与审查对象的具体指向之间发生了功能性错位。具体而言，以《行政诉讼法》第六章“起诉和受理”章节中规定的“起诉条件”为例，第45条至第48条规定的“起诉期限”属于程序性事项，是评价起诉行为是否合法的条件之一；第49条规定的“原告与行政行为有利害关系”属于当事人适格之内容，依照审查模式的不同，既是评价起诉行为是否成立的条件之一（形式审查），又是评价起诉行为是否合法的条件之一（实质审查）；第49条规定的“有明确的被告”属于起诉状载明必要之事项，是评价起诉行为是否成立的条件之一；第49条规定的“有具体的诉讼请求和事实根据”属于对载于起诉状中证明程序性事实的“初步证据”，根据证明标准的不同（“具体”二字属于不确定法律概念），司法实践中既可以是评价起诉行为是否成立的条件之一（降低的证明标准），也可以是评价起诉行为是否有理由的条件之一（高度盖然性标准）；第49条规定的“属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖”涉及主管和管辖权限问题，该事项的具体指向为人民法院是否可以对案件的实体问题进行裁决，故属于评价起诉行为是否合法的条件之一。

行政诉讼程序修正为立案与受理阶段、程序审理阶段、实体审理阶段的三阶段诉讼构造，可以实现起诉行为的阶段性评价与审查对象的具体指向相适应。具体而言，在立案与受理阶段，将起诉状载明之必要事项（具有明确的当事人、诉讼请求和事实根据）规定为“起诉要件”，作为评价起诉行为是否成立的条件。在程序审理阶段，将本国法院有审判权、法院具有事物及土地管辖权（受诉人民法院管辖）、属于行政审判权范围（受案范围）、具备当事人能力与诉讼能力（或者由代理人为诉讼行为且代理权无欠缺）、同一事件别无诉讼系属（不存在重复起诉）、非同一事件经终局判决后复行起诉（不存在复议终局、撤回起诉后无正当理由再行起诉）、诉讼标的未经既判力或和解效力所及（不存在诉讼标的已为生效裁判或者调解书所羁束）、起诉符合法定程式、具有权利保护必要性等各诉讼类型共通之事项规定为“诉讼要件”，作为评价起诉行为是否合法的条件。在实体审理阶段，将被诉行政行为的合法性（部分合理性）规定为“本案要件”，作为评价起诉行为是否有理由的条件。