第四，环境行政机关拥有对环境案件进行全面调查的能力和手段。“刑事侦查手段一般要强于行政违法调查手段”，这是认为行政权不必穷尽就应当移送案件者的主要理由。但实际上，现有环境法律法规已经赋予了环境行政机关丰富的调查手段，而这些丰富的调查手段正好是环境行政机关拥有强大行政权的具体体现。大致上看，环境行政机关可以采取的调查手段包括现场检查、勘验，询问当事人及有关人员，查封、扣押，监测，拘留，查阅、复制资料，暗查和组织技术部门协助调查等诸多调查方式。其中，暗查和组织技术部门协助调查为2023年《生态环境行政处罚办法》新增，该种秘密调查手段为环境行政机关获取客观、真实的证据材料带来了极大的便利。不过，秘密调查手段毫无疑问会对当事人的权利造成相当大的侵害，“对这一问题的解决，需要借助比例原则中的必要性和相称性展开分析”。而更加不容忽视的事实是，科学技术的发展使得行政执法进入数字时代，这也同时导致新的行政调查手段在不断产生，这些新的行政调查手段可能会不断进入法律规范当中，使得环境行政机关调查手段持续扩展。

既然环境案件的特殊性要求环境行政机关在调查过程当中穷尽行政权，那么如何敦促行政权的穷尽便成了新的问题。若环境行政机关未穷尽行政权以履行全面调查义务，那么受到行政处罚或接到行政命令的当事人可以提起行政复议或行政诉讼，并以此来审查环境行政机关是否履行全面调查义务。而当案件涉嫌犯罪需要移送给公安机关时，公安机关则可以利用移送标准来要求环境行政机关穷尽行政权。那么如何设置环境涉罪案件的移送标准呢？有观点认为此处若坚持“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”这一刑事立案标准，则会导致大量的案件无法进入刑事诉讼程序，同时也会导致行政执法机关代行侦查机关的职责，造成权力运行的紊乱，更何况要求行政机关证明案件调查达到公安机关立案标准十分困难，故而应当降低行政机关的移送标准。此外，要求对公安机关立案标准进行改革的呼吁也从未停歇，其原因是“需要追究刑事责任”这一标准要求全面掌握犯罪的所有构成要件，如此之高的立案标准会导致公安机关采取“不破不立”或者“重罪化轻”的做法。故而有必要将“需要追究刑事责任”这一法律要件予以剔除。据此来看，将移送标准设置为刑事立案标准可能会陷入为学术界所诟病的泥潭。

不过，将环境涉罪案件的移送标准设置为“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”具有充分的合理性。一方面，在普通的刑事案件中，受害人并没有调查案件事实的任何权力和手段，故而时常需要公安机关通过初查的手段来明确案件是否达到了立案标准，这就为公安机关以初查为名行侦查之实留下了空间。而在环境案件中，环境行政机关拥有强大的行政权和丰富的调查手段，要求环境行政机关证明案件达到“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”这一标准并非难事。待环境行政机关全面调查后，再需要公安机关进行初查的情况就会大幅减少，那么以初查之名行侦查之实的可能性也会相应降低。另一方面，案件一旦进入刑事程序，则行为人被追究刑事责任的可能性极大，并且刑事程序中所采取的强制措施对于行为人的权利又会产生不可逆的损害，那么不如在此发挥刑事立案制度在案件识别、程序分流和刑事强制措施控制等方面的作用，将本就不应当追究刑事责任的案件牢牢阻挡在刑事程序之外。然而不可否认的是，将移送标准如此设置必然导致一部分应当移送的案件没有被移送到公安机关，但此种“有案不移”的问题能够被强化检察机关大数据监督、完善公安机关信息共享平台等多重方案化解。即便少量涉罪案件还是被行政处罚化，但这相较于行政违法刑事化对社会造成的危害则明显要小。

不过，考虑到案件移送并非完全等同刑事立案，不留缺口地将移送标准完全拔高既不合理也不现实，而且移送标准的设置本就是为了敦促环境行政机关在调查中穷尽行政权，因此对于超出了环境行政机关的调查能力、需要公安机关进一步获取证据的案件也应当移交公安机关。此外，是否应当追究刑事责任的判断权专属于审判机关，将移送标准设置为“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”而又不加控制说明，则会存在对审判权侵蚀的嫌疑。对此，环境行政机关在移交案件时应当对“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”的证明达到高度盖然性的标准，即能够使公安机关和检察机关产生确实应当进行刑事追诉的高度内心确信。如果环境行政机关经过全面调查后发现案件的刑事追诉存在明显的合理怀疑，那么就不宜将案件移送公安机关。此外，“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”这一移送标准应当为不同于具体标准的指导性标准，其本身就应当具备一定的抽象性，从而赋予环境行政机关相当的裁量幅度和空间。并且，将移送标准设置为“有犯罪事实发生需要追究刑事责任”并不要求环境行政执法人员都精通刑法，这是因为此处所指为“涉嫌环境犯罪”，而并非“构成环境犯罪”，对于环境行政执法人员的要求并非明确环境犯罪的具体构成要件，而是仅对是否存在环境犯罪的可能进行初步判断。一般情况下，环境行政机关对环境涉罪案件进行调查时都会查询公安机关、检察机关和法院出台的标准和解释，以判断案件是否涉嫌环境犯罪，即便不能通过相应的标准和解释来判断，也可以以联席会等形式向公安机关和检察机关询问案件是否涉嫌犯罪。