检察机关作为环境刑事附带民事公益诉讼的提起人，需要以生态修复为中心统筹相关主体的行政、民事和刑事责任。检察机关在提起该类诉讼时，需要对民事赔偿、行政罚款、刑事罚金和认罪认罚等进行统一考虑。随着我国生态文明建设的推进和环境保护手段的多管齐下，环境利益已然同时处于民法、刑法和行政法三套平行责任机制的保护之下，那么此刻不可避免会涉及如何统筹三套平行责任的问题。如若处理不好该责任的统筹问题，那么不仅可能会浪费大量的行政司法资源，而且可能会导致同质化责任的重复或者责任追究的遗漏。对此，第一，检察机关需要优先考虑生态环境损害补偿救济责任的实现，对损失的补偿救济必然要优先于对恶行的惩罚威慑。第二，若行为人在认罪认罚当中进行了生态环境修复或者缴纳了一定数额金钱，则检察机关在要求行为人承担生态环境损害的民事责任之时应当予以考虑并进行折减。第三，若检察机关在诉讼当中要求行为人承担生态环境损害的民事责任，那么就不宜在量刑建议中再提出判处刑事罚金。这主要是考虑到现有生态环境损害的民事责任已然包含一定的财产性的惩罚和威慑效能。从生态环境实际修复的内容来看，在基础性修复和补充性修复之外还存在赔偿性修复，赔偿性修复是针对损害发生到修复期间和补充性修复期间的生态服务功能损失的修复，其已然超出了传统恢复功能而隐含了一定的惩罚性意味。而从计算生态环境损害赔偿额的虚拟成本治理法来看，其根据受损区域环境功能的敏感程度，将治污成本1.5～10及1.0～2.5来确定损害数额。换言之，此种方法计算出来的最高损害数额可达到实际治污成本的25倍。由于司法实践过于倚重使用虚拟成本治理法的生态环境损害鉴定，致使生态环境损害赔偿额实际上也具备了一定的惩罚功效。

根据最高人民检察院《关于深入开展公益诉讼试点工作有关问题的意见》中的第十二点意见，在案件移交给公安机关或者被判处刑罚后，若行政机关没有正确履行法定职责，检察机关可以对其进行监督，符合条件的应当提起行政公益诉讼。因此，在环境行政执法与刑事司法衔接的过程当中，检察机关作为环境行政公益诉讼的发起人，应当对环境行政机关的履职进行监督。那么需要讨论的是，在案件移送公安机关或者被判处刑罚后，环境行政机关需要承担哪些法定职责。对于环境行政公益诉讼中“法定职责”的范围，有学者通过“管理职责”和“监管职责”的二分法予以认定，但是对于监管的具体内容却没有进一步的分析。从环境行政义务具体化程度上看，公民的环境行政义务可以分为三层：第一层是一般抽象的环境行政义务，如公民应当保护环境；第二层是抽象的环境行政义务，其是未经具体化的义务；第三层是具体的环境行政义务。对应上述法定职责的二分法，第二层义务和第三层义务的履行应当成为环境行政机关的监管内容。详尽而言，当发生生态环境损害之时，行为人在法律意义上有进行生态环境修复并接受行政制裁的义务（该义务为第二层义务），环境行政机关有职责以作出行政命令和行政处罚的方式来监管行为人履行该义务。一旦环境行政机关作出行政命令和行政处罚，那么行为人就必须履行行政命令和行政处罚当中的具体义务（该义务为第三层义务），而此时环境行政机关的监管职责为要求行为人履行该具体义务。那么对应环境行政执法与司法衔接的过程，若环境行政机关怠于或疏于要求相关主体承担不与刑事责任同质的行政责任和义务，或者要求了相关主体承担一定的行政责任和义务但又不履行监管职责，检察机关就可以发动环境行政公益诉讼对环境行政机关进行监督，要求其履行相应的行政职责来保证环境案件的顺利推进。当然，若刑事附带民事判决对行为人提出了生态环境修复的要求，但法院对该义务履行的监管能力有限，也可以将该监管的职权转移给环境行政机关。一旦该监管的职权予以转移，环境行政机关将对行为人履行已被具体化了的环境行政义务负有监管职责。

四、司法权的谦抑：法院需坚守独立审判与适度能动

完善行政执法与司法衔接不是单纯的保证环境涉罪案件快速从行政违法处置阶段进入刑事犯罪处置阶段，而是同时要保障环境涉罪案件移交、处置的公平与公正。那么法院作为衔接的最后一环，就应当成为保障案件实现实体正义的最终力量。

之所以强调检察权在运行之时应当着重对环境犯罪案件进行独立的实体判断，并积极、合理、有效地运用不起诉决定权，并非是忽视法院在审理案件当中准确把握案件性质的重要性，而是意在阐述司法权在运行当中进一步优化的首要方向是摆脱外界的影响和裹挟。在刑事案件的处理过程当中，流水线化的模式使得公、检、法三家习惯于在严格的刑事程序之外进行案件的探讨与沟通。“公、检、法三机关‘疑罪从有’的‘合作’反复实践，不断驱逐无罪推定观念，将有罪推定逐渐固化、意识形态化”，而存疑的证据也经过反复磋商而发挥出推定有罪的功能，往往最终呈现出的局面就是在多方妥协下疑罪从无被降格为疑罪从轻。并且，在强调对环境犯罪案件形成打击合力的大背景下，司法权与侦查权、检察权之间似乎更呈现出一种“配合有余、制约不足”的局面。除了这种表面的影响之外，在刑事案件当中法院还受到实质上的裹挟，由于当前检察机关和公安机关实行案件绩效考核，无罪判决从某种程度上意味着检察机关公诉的失败和公安机关侦查的失误，这种失败和失误将直接对检察官和侦查人员的晋升造成不可估量的影响，而“近些年来推行的司法准入机制、公务员考试制度以及干部轮岗与交流机制等，使得公检法人员‘同质性’大大加强”。看似法院自身不会受到无罪判决的任何影响，但是三家深层次的复杂关系使得法院往往受到一定程度的裹挟从而尽量减少无罪判决的做出。更何况，司法通常被视为维护社会正义的最后一道防线，司法是实现矫正正义的终极力量，也因此司法审判往往被给予更多的社会期待。而环境刑事案件承载着更多的公共利益，其往往与社会秩序紧密相关，从而备受社会关注。由此来看，法院对环境刑事案件审理所面临的压力只会是有增无减。对于司法权在运行过程中面临的上述困境，法院在环境刑事案件的审理当中需要做到独立判断，在案件审理过程当中尽可能地摆脱外部的干预或影响，从而避免司法权成为对侦查程序和审查起诉程序的确认与复核。对于检察机关的量刑建议，法官需要恪守客观公正和不偏不倚的态度，从内心深处遏制从严惩治犯罪和乐意接受国家机关建议的偏向。当然，法院在进行独立审判的过程中，也应当积极寻找案件的出罪事由，作出适量的、理性的、合乎刑法规定的无罪判决，因为正是这些无罪判决才能够体现一个国家对刑罚之恶的有序控制和对入罪的谨慎态度，也更能彰显国家尊重和保障人权的决心和魄力。

2016年，最高人民法院在《关于充分发挥审判职能作用为推进生态文明建设与绿色发展提供司法服务和保障的意见》中明确提出“适度强化能动司法，创新审理方法和裁判方式”。此后在环境案件的审判与执行当中，法院大开能动司法的闸门，在司法权运行的各个方面都进行有益的创新与尝试。例如法官在审理环境刑事案件当中加入对恢复性刑事政策的考量，在刑法解释论的基础上进行利益衡量最终实现法理、情理和常理的融合，这充分体现了政策实施型司法机构的优势。不过，因为能动司法的边界和限度完全凭借法官对司法裁量权的行使，从而也出现了一些不甚合理的判决。不少法院将劳务代偿、补植复绿等生态环境修复或替代性修复作为新型刑事责任进行判罚，这似乎过度突破罪刑法定的基本原则，可能会使得刑事责任从犯罪论当中剥离。实际上，司法在能动时需要尽量避免对立法权和行政权进行篡夺，这就需要能动司法尽可能保持谦抑。由此，法院在进行能动司法时应当遵守两项基本原则：若用尽裁量空间进行司法则必须强化释法说明，若超越法律规定进行判决则必须深化推理论证。以法院对生态环境损害的鉴定意见或专家意见进行审查为例，现行法律仅要求对意见主体的适格性、意见证据的相关性和意见做出的合规性进行审查，但这似乎并不能满足对意见进行深入审查的司法需要。对此，法官可以适度能动并对意见进行实质性审查，在实质性审查后对相关审查要素进行说明。就具体的审查要素而言，可以包括以下几方面：做出意见的专家证人所依据的原理和方法是否具有可靠性，该意见证据是否基于充分的事实或数据，做出意见的专家证人是否将科学原理和方法可靠地运用于这些事实或数据的结果，以及做出意见的专家证人是否因知识、技能、经验、训练或教育而具备相关领域的专家资格。