本文无意否认系统论、整体论、协调论等理论在环境治理和犯罪治理当中的价值，上述理论为环境治理和犯罪治理提供了快速而有效的方案，也表明了行政权、侦查权、检察权和司法权可能保持的一种姿态和应有的关联。但是在环境行政执法与司法衔接过程中，行政权、侦查权、检察权和司法权如何运行是一个长期且艰难的问题，其不可能因为某一个理论、某一种价值或者某一项政策而具有定论。一方面，行政权、侦查权、检察权和司法权的运行应当追求效率，权力主体彼此之间的联络与合作必不可少；另一方面，行政权、侦查权、检察权和司法权拥有各自的本色，权力背后隐藏着各个国家机关应当承担的责任。那么在环境行政执法与司法衔接当中对上述权力比较好的安排应当是：首先，环境行政机关穷尽行政权对案件进行全面调查后再行案件移送。其次，公安机关对侦查权的发动保持审慎的态度，并在侦查权率先运行时注重对人权的保护。再次，检察机关作为行刑衔接的监督者对侦查权展开多面监督，作为刑事诉讼的公诉人有效运用不起诉决定权，作为附带民事公益诉讼的提起人统筹多种责任，作为行政公益诉讼的发起人发挥履职督促的功效。最后，法院对司法权的运行保持谦抑，并坚守独立审判与适度能动。在中国特色社会主义法治体系中，环境行政执法与司法衔接是法律适用的关键环节。运用多重法治价值对行政权、侦查权、检察权和司法权的运行进行引导，是保障环境行政执法与司法衔接的必经之路，但是这种引导应当建立在对行政权、侦查权、检察权和司法权进行区分的基础之上。也只有对行政权、侦查权、检察权和司法权进行区分，才能进一步对权力的运行进行优化，进而使得环境行政执法与司法衔接更为顺畅。