作为刑事诉讼的公诉人，检察机关在对环境涉罪案件进行审查起诉的时候需要对案件作出全面、充分以及深入的实体判断，并且合理、有效地运用不起诉决定权。检察权的运行势必以发动刑事诉讼作为方向，但此过程当中检察机关也需要积极寻找案件出罪事由，尽量控制追究行为人刑事责任的冲动，从而实现案件的实质正义。检察机关在对案件进行实体判断的时候，应当遵循“行政违法认定＋犯罪独立判断”的基本路径，既要保证案件的判断存在行政违法认定的依据，又要对犯罪构成展开实质性的独立判断。基于此基本路径，检察机关在对案件进行审查起诉之时，应当尤其重视以下三点：

第一，前置环境行政规范援引不当时应当积极出罪。由于环境犯罪基本上是行政犯，因此构成环境犯罪的前提是存在环境行政违法的认定，这基本上已成为共识。不过，前置环境行政规范援引不当时应当积极出罪似乎没有得到足够的重视。前置环境行政规范援引不当一般包含两种情形，一是前置环境行政规范发生变化的情形，另一种是援引的前置环境行政规范超出了法定位阶的情形。在前一种情况当中，若规定犯罪构成要件的刑法规范未发生修改，而只是前置行政规范发生变动，我国台湾地区实务上倾向将其作为事实的变更，从而排除从轻兼从旧原则的适用。但是，前置行政规范虽然不是严格意义上的刑法规范，却已然实质上构成了空白刑法中不可缺失的一部分，且前置行政规范的变动也会导致行政违法性认定发生相应的变动，故而前置行政规范发生变动应当遵从刑法从轻兼从旧的基本原则，成为检察机关法定不起诉的事由。在后一种情况当中，若援引的前置环境行政规范超出了刑法条文中规定的位阶，则检察机关也应当严格奉行罪刑法定原则将其作为出罪的理由。例如，污染环境罪以“违反国家规定”作为犯罪构成的前提，而刑法第96条已然明确限定了“国家规定”的位阶，若援引的前置环境行政规范低于该位阶范围，则应当排除该环境行政规范的适用，对案件作出不起诉的决定。

第二，避免环境犯罪的判断对行政违法认定的依赖。“现代法治国家行政职能不断扩张，追求法治国理念下行政法规不断增多也愈加细化，专业度要求也愈加提高”，而这也使得高度凝练的刑法在一些情况下不得已需要引入行政规范当中的规定。环境犯罪案件大多由环境行政机关进行移送，检察机关和法院只能被动接受案件，这也导致检察机关和法院不得已会受到前置行政违法认定的影响。但是也正因如此，检察机关更应当在审查起诉之时充分认识到刑法与行政法内在机理的不同，精准把握环境犯罪刑事法律规定所保护刑法法益的特殊性，进而对犯罪构成独立进行实质性判断。例如，在湖北宜昌市远安县朱某华污染环境案当中，环境行政机关发现某汽修厂通过洗手池与公路旁排水沟连接的“暗管”排放废油，公安机关据此将案件移送当地检察机关审查起诉，而检察机关独立判断后认为该“暗管”并非司法解释中规定的“暗管”，导致案件最终未进入审判程序。本案中，根据《行政主管部门移送适用行政拘留环境违法案件暂行办法》第五条第二款的规定，只要能够帮助行为人规避监管的隐蔽式管道都可以被认定为“暗管”，其不仅包括埋入地下的水泥管、瓷管、塑料管等，还包括地上的临时排污管道。可以看出，行政规范当中对“暗管”的认定十分宽泛，以至于本来就连接洗手池与排水沟的管道因为能够帮助行为人规避监管且具有较低隐蔽性就能够被认定为“暗管”。不过，污染环境罪中“暗管”应当结合刑法及其司法解释的目的予以理解和认定。现行司法解释将通过“暗管”排污的行为予以降低入罪门槛，主要是考虑到现实当中的“暗管”排污被发现时往往到了积重难返的地步，由于通常情况下行为人用以排污的“暗管”难以发现，而行为人凭借此极其隐蔽化的措施将肆无忌惮地进行长期且严重超标的排污。假若排污所利用之管道显而易见，那么环境行政机关将轻而易举地发现并制止，也不会对环境造成不可估量的损失。因此，污染环境罪中“暗管”最低应当具备两重特性，即在物理上具有高度隐蔽性和在法律上未得到相应的许可。在该案当中，连接洗手池与排水沟的“暗管”似乎并不具备这两重特性，故而在犯罪构成的独立判断当中确实不应将其认定为污染环境罪中“暗管”。

第三，着重审查是否存在行政违法性认识。由于传统的“四要件”理论不认为违法性认识属于犯罪的构成要件，致使实践中将“不知法不免责”奉为圭臬，行政违法性认识这一关键要素被长期忽略。但是，作为行政犯的环境犯罪不同于自然犯，环境犯罪的前置性环境行政规范具有高度专业性而一般不为社会群众所熟知，众多环境犯罪案件中的行为人的确对自己是否触犯行政规范并不知情，如果仍然以“不知法不免责”作为环境犯罪构成的原则，那么不仅会无故扩大环境犯罪的打击范围，而且会造成人人自危的局面。更何况，罪责的本质不是意志活动本身，而是意志活动的可责性或者可非难性。故而在环境犯罪的领域，只有当行为人完全知晓行为规范，并且将违反相应的行为规范作为其行为的目的，行为人的整套行为才具备不法的性质。因此检察机关在审查起诉之时，应当着重对行为人是否存在行政违法性认识进行审查。否则，不仅刑罚功能难以得到有效发挥，而且还会引起社会公众较强烈的抵触。在武汉一男子钓鱼3条就被刑拘一案当中，公安机关仅缴获渔获物3条、鱼竿1根、塑料桶1个。由于《农业农村部关于发布长江流域重点水域禁用渔具名录的通告》将7个及以上钓钩数的钓具列为禁用渔具，该案的行为人因使用12钩串的钓具而涉嫌非法捕捞，故被公安机关采取刑事强制措施。在该案当中，行为人所携带的工具表明其并非专业的捕捞人员，无论采取“相当理由说”还是采取“回避可能性说”，都可以判断出该行为人难以对所携带渔具违反行政规范拥有认知。那么对于此几乎不可能有行政违法性认识的行为人采取刑事强制措施，必然与社会公众的一般认知不符，进而引起了社会的热议。

此外，“基于环境犯罪的严峻形势，有必要将环境领域的刑法介入提前，具体危险犯或许是一种兼顾刑法明确性与惩罚性的良好选择”。相应的，入罪门槛的降低也使得环境犯罪圈急速扩大，但是也正因此，检察机关更需要在刑法的适用中积极有效地运用酌定不起诉，从而使刑法的积极性与谦抑性达到平衡。以非法捕捞水产品罪为例，实务界通常认为只要行为人实施了刑法所禁止的行为，无需造成相应的危险后果即可构成犯罪。但是娱乐性的垂钓行为不同于经营性的捕捞行为，娱乐性的垂钓行为一般社会危害性小、法益侵害性小且情节轻微，故而检察机关对娱乐性的垂钓行为就应当着重考虑是否有进行刑事追诉之必要，毕竟行政犯在刑法当中难以寻觅出罪事由，故而行政犯的出罪往往依靠超法规事由。在鄂州张某某非法捕捞水产品案当中，张某某使用自制电鱼器在梁子湖湿地保护区的禁渔区内捕捞渔获物1.8斤，但检察机关认为张某某的非法捕捞行为属于情节显著轻微，故对张某某作出酌定不起诉的决定。同理，在上述的武汉一男子钓鱼3条就被刑拘一案当中，行为人实施的生活性捕捞行为明显符合情节轻微的条件，检察机关对于该案也应当予以积极出罪。当然，此酌定不起诉的合理有效运用不单单是理论上刑法积极性与谦抑性平衡的要求，而且还具有深层次的社会原因：一方面，轻微犯罪具有严厉刑罚附随后果。现实中轻罪的判处虽然表面上仅仅对行为人自由进行较短期限或财产进行较少数量的剥夺，但给行为人却带来了基于“犯罪化标签”所产生的严厉附随后果。然而此犯罪附随后果的修改需要一定的立法时间与成本，那么此时适宜的做法应当是由检察机关在审查起诉之时就将不值得进行严厉制裁之行为予以排除。另一方面，由于环境犯罪以行政违法作为成立的前提，其行为本身并没有过多的道德可谴责性。那么在行政犯认定之时就应当充分考量一般社会群众的朴素情感，若刑法的适用与大众的正义观相违背，那么刑法的权威将会大打折扣。而检察机关积极运用酌定不起诉以对轻罪的出罪，从某种程度上说正是通过矫正正义的方式来回应社会大众的朴素正义观。